旅を続けるサトシたちは「ヤドンの湖」にたどりつく。そこへ突然「まぬけポケモン」のヤドンがやってきた。尼さんのミヤビによると、実はヤドンは、こう見えても深いことを考えているポケモンなのだという。

サトシたちの前にひょっこりと現れた2匹のププリン。続いて家の中から飛び出してきたのは、チヒロという名の女の子だった。この2匹のププリンは、テレビやコンサートにひっぱりだこの双子のアイドルポケモンだった。

フスベシティを目指し旅を続けるサトシたちに、強力な電気吸い取り器を持ち出してピカチュウをゲットしようとしてきたロケット団。ピカチュウの電気が全部吸い取られて大ピンチに!そこへツバサが助けに来て...。

サトシ一行は、“くらやみポケモン”のヤミカラスを連れている“ポケモン魔法使いのリリー”と名乗る女の子と出会う。リリーが持つ魔法の秘伝書には、先祖代々伝わる魔法の使い方が書かれているという。

フスベシティを目指すサトシ一行だったが、道の真ん中でグーグー寝ている「ようがんポケモン」のマグカルゴに道をふさがれてしまう。マグカルゴを無理矢理起こそうとするが、マグカルゴは突然怒り狂って暴れだし...。

最後のバッジをゲットするため、サトシたちはフスベシティを目指していた。とその時、木陰に数匹のナゾノクサが倒れているのを目撃する。サトシたちのおかげで回復したナゾノクサは、ある場所へと一行を連れていく。

ジムリーダー・ヤナギとのジム戦に挑むために、チョウジジムへとやってきたサトシ一行。だが、ヤナギに案内されたバトルフィールドは、床は全て氷で、中央にはあちこちに氷のかたまりが浮いたプールがあった。

7つめのアイスバッジをゲットするために、気合を入れてチョウジジムの門を叩いたサトシ。中から現れたのは、シマバアという元気なおばあさんだった。ジムリーダーのヤナギは裏山で修行中だという。

サトシたちはロケット団の悪行を食い止めようと必死に立ち向かうが、捕獲リングで捕らえられて身動きが取れなくなってしまった。一方、ロケット団の内部には、ポケモンGメンのワタルが単身潜り込んでいた。

突然ピカチュウとトゲピーに異変が起こり始めた。辺りを見回すと、ほかのポケモンたちもみんなぐったりしている。するとその時、森の向こうから「ウゥゥゥゥー!!」という低いうなり声が聞こえてきて...。

ロケット団と一緒に落とし穴に落ちてしまったサトシたち。そこへ突然、向こうから巫女さんの格好をしたミココという女の子がやってきた。何だか慌てている様子のミココの後を追う一行。そこで見たものは...。

スリバチやまの洞窟を通り抜けたサトシたちは、木陰の下で寂しげに座っているけんかポケモンのバルキーに遭遇する。タケシがポケモンフーズを差し出したその瞬間、バルギーが彼のリュックに飛びつき...。

チョウジタウンを目指し旅を続けるサトシたち。すると、あたり一面に濃い霧が立ち込め、彼らの視界が閉ざされてしまった!その時、霧の中から浮かび上がったのは、古風なチャイナドレスを身にまとった女性だった。

サトシたちの前に突然立ちふさがるロケット団だが、サトシたちに打ちのめされてすぐ引き下がる。自分たちの失敗に嫌気が差したロケット団は、ロケット団のロケット団によるロケット団のための反省会を始める。

次の町・チョウジタウンを目指すサトシ一行だが、突然サトシのリュックの中から光があふれ出した。どうやら、育て屋のタマゾウにもらったポケモンの卵が光っているようだ。サトシがケースを開けてみると...。

ライズタウンのタマゾウにポケモンの卵をもらったサトシたちは、どんなポケモンが誕生するのか楽しみにしていた。そんな矢先、突然の豪雨に襲われた一行は、近くのポケモンセンターで一晩泊めてもらうことに。

旅を続けるサトシたちは、緑豊かな町・ライズタウンへやって来た。突然サトシたちの目の前に現れたのは、ボードを足につけてウィンディを手綱で操るシゲルの姿。聞けば、これは「ポケモンライド」という競技で...。

エンジュシティを旅立とうとしたサトシたちであったが、突然どこからか鳴り響く鈴の音に足を止めた。スズのとうから鳴り響く鈴の音、これは伝説のポケモン“ホウオウ”の到来を知らせるものであったのだ。

次の町を目指して、エンジュシティを再び訪れたサトシたち。そこで美人5人姉妹の一人、サクラと会う約束をし、一行は久しぶりの再会を楽しみに待っていた。すると、そんな彼らの前に突然、エーフィが現れ...。

次の町へ向かう途中、オーキド博士に連絡を入れたサトシたち。かつてはポケモンたちが仲良くすみ分けて暮らしていたオーキド邸の庭だが、今はポケモンたちの喧嘩が絶えず、博士の手に負える状態ではないという。

6つ目のバッジをゲットするため、再びアサギシティにやってきたサトシたちは、待ちに待ったジムリーダー・ミカンとのバトルを目前に控え、海岸で猛特訓に励んでいた。そこへ、またもやロケット団が現れ...。

うずまき列島の旅を終え、再びアサギシティに戻るために船乗り場にやってきたサトシ一行。ところが、明日の午前中まで船は出ないという。明日の朝にはジム戦を控えているため、一行は困り果てるが...。

連れ去られた子供のルギアを助け出すため、ロケット団のナンバ博士たちの基地に向かったサトシたち。ところが、子供のルギアをおとりにして親のルギアを捕獲しようとするナンバ博士らのわなにかかってしまい...。

ついにサトシらの目の前に姿を現した幻のポケモン・ルギアの親子。しかし、それを狙っていたロケット団のナンバ博士らの手によって、子供のルギアが奪い去られてしまう。怒り狂った親のルギアは海を荒らし...。

謎のポケモンのさらなる手掛かりを求め、沖島にやってきたサトシたちは、ヒロシと再会する。ヒロシもまた、謎のポケモンの噂をかぎつけてここまでやってきたと言う。サトシとヒロシたちは共に海に繰り出すが...。

沈没船から“ぎんいろのはね”を発見したサトシたちは、謎のポケモンの正体を突き止めるため、銀岩島のカサドシティにやってきた。途中、サトシたちはアクセサリーショップオーナー・ユリコに出会い...。

再びアサギシティに戻ることにしたサトシたちは、連絡船が出るボウゼタウンへ向かっていた。しかし、陰謀を企てるロケット団が落とし穴を仕掛けていた。「今どき落とし穴に引っかかるなんて」と思っていたが...。

うずまきカップ2戦目にして早くもバトルで衝突してしまったサトシとカスミ。戦いで使えるポケモンはたったの2体。その2体が戦闘不能になった時点で勝敗が決まる。両者一歩も譲らないままバトルは始まり...。

サトシとカスミは予選を勝ち抜き、次はいよいよ本戦。コロシアム中に響きわたる歓声のなか始まった開会式では、うずまき列島の文化と伝統を守り続ける海の神官・マヤが現れ、優勝者にはある賞品を贈呈すると告げる。

うずまきカップの開催地である赤岩島のカクイシティにたどりついたサトシたち。その街は、戦いに挑もうとやってきた多くのポケモントレーナーでごった返していて、サトシたちはやる気満々だったが...。