ニビシティを訪れたサトシは、ジムトレーナーのタケシに戦いを挑む。しかし、タケシは強豪であっさりとやられてしまう。サトシはタケシに再びポケモンバトルを挑むため、ピカチュウと猛特訓を始めるが...。

サトシは少年サムライとポケモンバトルをしている間に、スピアーたちにトランセルを奪われてしまった。どうにかトランセルを救い出すが、サトシを守ろうとしたトランセルにスピアーの鋭い針が突き刺さり...。

トキワの森にやってきたサトシは、キャタピーをゲットする。さらに、ピジョンも現れて見事にゲットする。そんななか、そこへロケット団が現れて、サトシはポケモンバトルを挑まれて戦うことになる。

戦いの最中に傷ついてしまったピカチュウを治療するため、サトシはポケモンセンターへやってきた。しかし、そこにロケット団が襲ってきた。襲撃によってポケモンセンターは大パニックに陥ってしまう。

サトシは憧れのポケモンマスターになるために旅に出る。しかし、オーキド博士からもらったピカチュウは、サトシの言うことを聞いてくれない。そうこうしているうちに、オニスズメの大群に襲われてしまう。