ホウエン地方を目指すサトシの前にロケット団が立ちはだかった。迎え撃とうとするサトシだが、今の仲間はピカチュウのみ。そのため、うまく立ち回れずに、サトシたちは離れ離れになってしまう。

ジョウトリーグ・シロガネ大会も幕を閉じ、一行はサトシのふるさと・マサラタウンを目指していた。途中、カスミはハナダジムに帰らざるを得なくなってしまう。長旅の苦楽を共にした3人に別れの時が訪れる。

シロガネ大会決勝トーナメント、サトシとハヅキのバトルは、両者残り1体となり、ハヅキのバシャーモとサトシのリザードンという炎タイプ同士の一騎打ちとなる。お互い一歩も譲らず死力を尽くす激しいバトルとなる。

シロガネ大会決勝トーナメント1回戦でシゲルを倒したサトシ。次の2回戦は、ホウエン地方出身のハヅキとの対決だ。癖のあるポケモンで攻めてくるハヅキに、サトシは予想外な作戦で応戦し、一進一退のバトルとなる。

ついに始まったサトシとシゲルのバトル。サトシのポケモンたちは、シゲルのポケモンたちの圧倒的パワーに次々と倒されていく。サトシの手持ちのポケモンは、サトシが強い信頼を寄せるリザードン1体のみとなった。

ジョウトリーグ・シロガネ大会で決勝トーナメントにこまを進めたサトシ。しかし、決勝トーナメント1回戦の相手は、ライバルのシゲルだった。決着がつかなかった過去の勝負を振り返り、2人は改めて闘志を燃やす。

ジョウトリーグ・シロガネ大会の予選リーグの初戦で対戦相手を打ち負かしたサトシ。次の相手は、ワカバタウンのジュンイチ。ジュンイチは初戦でモエに敗退しているため、もう負けることはできない。

シロガネ大会予選リーグの出場権を見事獲得したサトシ。対戦相手の1人・モエという女の子と挨拶をかわしたサトシは、その晩、明日のバトルに備えて戦略を練ることに。パソコンでモエのデータを研究すると...。

ポケモンセンターでジョウトリーグ・シロガネ大会出場の手続きを終えたところへ出くわしたのは、サトシのライバル・シゲル。久しぶりの再会だというのに、優勝争いの話題になるや、両者は火花を散らす。

次の目的地・シロガネタウンへ向かう途中、ホウオウ院に立ち寄ったサトシ一行。そこには人が集まっていて、ジョウトリーグシロガネ大会の聖火がともるのを待ちわびていた。昔、この地は争いが絶えなかったが...。

ヨーギラスの故郷・シロガネ山にやってきたサトシ一行。喜ぶヨーギラスの前に現れたのは、おなかに傷を持つバンギラスで、ヨーギラスの母親らしい。バンギラスは、サトシらがヨーギラスの卵を盗んだと誤解し...。

シロガネ山に向かう途中、突然、カスミの顔面に謎の多いシンボルポケモン・アンノーンが直撃してきた。しかし、そのアンノーンは衰弱していた。カスミは、ぶつかった拍子にアンノーンの気持ちが伝わってきたと言う。

シロガネ山を目指していたサトシ一行のもとに、突如センイチという少年がバトルを挑んできた。彼は、ひのこポケモンのブビィで勝負をしてきた。それに対しサトシはヒノアラシで真っ向勝負をするが完敗してしまう。

ヨーギラスを故郷に帰すためにシロガネタウンを目指し旅をするサトシたちは、その道中、でんきポケモンのエレキッドに遭遇。しかしエレキッドはヨーギラスと共にロケット団に網で捕らえられて逃げられてしまう。

旅の途中で足を踏み外して山を滑り落ちてしまったサトシたち。目の前に広がっていたのは、ひからびた湖とバテバテの様子で寝そべっているヤドンたちの姿。そこで発見した「おうじゃのしるし」に駆け寄ると...。

ポケモンの卵から生まれたヨーギラスを故郷に帰すため、シロガネ山を目指していたサトシたちは、山の中でとある温泉を発見。そこで一行は、伝説のポケモン・エンテイの捕獲を夢見て旅を続ける少年・ナオヤと出会う。

海洋研究所のナルミからポケモンの卵を預かったサトシたち。シロガネ山の禁猟区から盗み出されたという卵をおなかに抱えて運んでいると突然卵が割れた。一行は「伝説のポケモンの誕生か!」と息をのむが...。

ワカバタウンを目指して旅を続けるサトシたちは、途中、ウツギ博士から重大な任務を下される。それはポケモン海洋研究所に行って、ポケモンの卵を受け取ってくること。そこではナルミが海で実験を行っていた。

シロガネ大会に出場するため、ワカバタウンを目指し旅を続けるサトシたちは、途中海沿いでポケモンシンクロショー会場に立ち寄る。息がぴったり合った水ポケモンたちの華麗なショーに一同はくぎづけに...。

ついに最後のバッジをゲットしたサトシたちは、いよいよジョウトリーグを目指して旅をしていた。その情報を知ったロケット団は、一行からバッジを盗み出そうとたくらむ。匠みな変装で見事サトシらをだまし...。

フスベジムのジムリーダー・イブキとサトシの熱戦の火ぶたが切られた!前回のジム戦で手持ちポケモンでは、形勢不利だと察したサトシはポケモンセンターでポケモンを入れ替え、戦略を変えてカビゴンで勝負に出る。

ロケット団によってフスベジムに代々伝わる「竜の牙」が奪い去られた。ロケット団はこの地でドラゴンポケモンの守護神といわれるカイリュウを味方につけて逃亡。平和の象徴「祈りの炎」と呼ばれる金の器も盗み出す。

最後の砦・フスベジムの門を叩いたサトシたち。いよいよジムリーダー・イブキとのジム戦の幕が切って落とされた。イブキが初戦からキングドラを出してきたのに対し、サトシは早くもピカチュウで勝負する。

フスベシティへたどりついたサトシ一行は、湖の近くで眠っているドラゴンポケモンの「ミニリュウ」を発見。物珍しそうに歩み寄る一行だが、突然湖の中からギャラドスが出現し、彼らに向かって猛攻撃を加えてきた!

次の目的地・フスベシティを目指すサトシ一行は、途中で「氷の洞窟」を発見する。近道と思われるこの洞窟を通り抜けることにした一行。しかし、サトシたちは全員、誰かが仕掛けた氷の落とし穴にはまってしまう。

湖のほとりで昼寝をしていたサトシたち。目を覚ましたニョロトノがおむすびを見つけて食べようとした瞬間、手が滑ってころがっていってしまう。追いかけるニョロトノのもとへ、チアリーダー風の女性が駆け寄り...。

フスベシティを目指し旅をするサトシたちは、道中ある女性から「バトルパーク」の存在を教わる。そこは、ほとんどのポケモンが揃っており、対戦したいポケモンを自由に選んでバトルすることができる場所だという。

旅を続けるサトシたちは、通りすがりに何やら人だかりを見かける。行ってみると、ポケモンバトルが繰り広げられていた。聞くと、ヤスジという強者が「おたまポケモン」のニョロボンで、全勝を果たしているという。

道中、ひと休みをして月見をすることにしたサトシ一行。しかし、サトシだけは食べることに夢中。ふと空を見上げると、幸運なことに流れ星が降ってきた。慌てて願いごとをする一同だが、この流れ星の異変に気づく。

ポケモンセンターで休憩を取っていたサトシ一行。オーキド博士がパーソナリティを務めるラジオ番組を聞いていると今度、番組の公開録音を開催するらしい。博士との再会を楽しみに開催地に足を運んだ一行だが...。