【シーズン8 最終話】6人の冤罪被害者が刑務所から釈放された後、車で通り過ぎざまに殺害する連続殺人事件が発生。ダニーとバエズは冤罪被害者が仕組んだ復讐ではないかと疑う。一方フランクは、無実の青年たちを9年間も服役させてしまったことで罪悪感に苦しむ。またジェイミーとエディは命の危機に直面し互いの大切さに気づく。

フランクは連続テロの次なる標的を知るためシステム開発会社と対峙。テロリストが所持していた携帯電話のロックを解除するよう求めるが断られてしまう。一方エリンは怪しげな情報源から、これから起こる殺人事件の情報を入手。情報提供者には裏の意図があるかもしれず、ダニーとアンソニーも巻き込まれることに。

ダニーは危険な脱獄犯の居場所を突き止めるため、自分と敵対している収監中のヴィクター･ルーゴ (ニック･コルデロ) に協力を依頼。ルーゴは犯人追跡に同行させてくれなければ手を貸さないと言い張る。一方フランクは巡査部長の昇進試験を受けるよう、それとなくジェイミーを説得しようと試みる。

ダニーとバエズは行方不明になった少女の捜索を急ぐ。彼女は72時間以内に心臓病の薬を飲まないと命を落としてしまうのだ。一方ジェイミーとエディはカーチェイスを繰り広げた結果、調査対象となってしまう。フランク、ギャレット、ゴームリーは警察官を相手取った訴訟が示談になるケースが増え調査に乗り出す。またショーンは作文コンテストで優勝しメダルをもらう。

息子を殺した犯人が一向に捕まらないことを受け市警に抗議する母親。それを見てダニーが捜査を再開する。事件の担当刑事はもちろん、証拠不十分で起訴しなかったエリンとアンソニーも快く思わない。一方、エディは職務中に銃弾を浴びてしまう。エリンと元夫のジャック (ピーター･ハーマン) は刑事訴訟で相対する。

ダニーの義兄ジミー (ケヴィン･ディロン) はマフィアの片棒を担いでダニーのクレジットカードを悪用。ダニーはバエズの協力を得て、ジミーにマフィアを捕らえるよう強要する。一方フランクは元相棒のレニー (トリート･ウィリアムズ) が本当に罪を犯したのか確認するため、エリンとアンソニーに捜査を依頼する。

ダニーとバエズは、2つの家庭を築いて二重生活を送っていた男性の殺害事件を捜査。元相棒が麻薬取引の押収金を着服した疑いをかけられたアンソニーは、エリンから調査を依頼されるが拒否する。一方フランクは、鉄道局長候補2人の狭間で慎重な判断を迫られる。

裕福な男性の死亡事件を捜査するダニーは、自身の厳しい家計を何とかすべく転職を検討。一方ニッキーは、一族の名前を隠してインターンシップを始めるも、上司 (ショーン･クライアー) からセクハラを受けてしまう。

高校の中庭で、ある生徒が対立するギャングのメンバーに撃たれてしまう。ダニーとバエズは再発防止のため捜査を進めるが、校長のダリル･ウォード (アーニー･ハドソン) は無謀にも自らの手で解決しようと乗り出す。一方エリンは、不法賭博の組織と関わりを持ってしまった友人のミッキー (ラファエル･スバージ) を救おうと奮闘。

ダニーとバエズが担当する事件の有力な目撃者となったヘンリーは、捜査に干渉してダニーを怒らせてしまうが、最後は重要な情報をもたらす。一方ニッキーは、警察本部でNY市警の旗を汚した活動家の友人クリッシー (ネイアン･ゴンザレス･ノルビンド) の肩を持ち家族に衝撃を与える。

殺人事件の裁判を前にアンソニーが証人に聴取に行くが、銃撃されてしまい、彼の“宿敵”であるダニーが犯人捜しに乗り出す。ジェイミーとエディは、発達障害のある男性が警察のマネをして上官と衝突する中、2人の間に入って説得を試みる。そしてニッキーは警察の採用試験を受ける。

殺人罪で服役中の男が無実であることを調査中の記者が行方不明に。ダニーとバエズはこの過去の事件を掘り起こし、記者の捜索に当たる。検事局のエリンは、薬物犯罪者に対して服役より更生を第一に考えた対処を行う構想を打ち立てる。しかしフランクはこれに対して反対を表明せざるを得ない状況に追い込まれる。

捕らわれの身となっていた女性を勇敢にも救出したパーカー･マック (スペンサー･ハウス)。エリンはジェイミーとエディから彼の過去の嫌疑を取り消してほしいと頼まれ葛藤する。一方ダニーとバエズは車両強盗の捜査に当たり、その主犯が以前の捜査対象、マフィアのヴィクター･ルーゴ (ニック･コルデロ) であることを突き止める。

ダニーとバエズは麻薬取締局と連携してクスリの売人を追うことに。その際バエズは誤ってクスリに触れてしまい、瞬く間に過剰摂取の症状に陥り生死の境をさまよう。一方ジェイミーとエディは元性犯罪者を保護。彼は更生後あるアパートに入居し、住人の怒りを買っていた。そしてフランクは意外な人物と同盟を結ぶ。

嫌いな大学時代の知り合いに遭遇したエディ。過去にとらわれ判断力が鈍った彼女は疑わしい嫌疑で彼を逮捕してしまう。一方フランクは、ある警察官の経歴に傷を付けてよいものか思い悩む。その彼は警察官として非の打ちどころのない経歴を持ち、勲章受章者でもある元軍人なのだが、大麻の検査で陽性反応が出てしまったのだ。

ダニーは凶暴な元カレから看護師のフェイス･マドセン (ジェシー･ミューラー) を守ることになり、私情を挟まずにはいられない。またフランクの知人であるシェリー･ウェイン (カサンドラ･フリーマン) はフランクの元を訪ね、収監者の死について意見を述べる。そしてジェイミーとエディは出産を手伝うことに。

有名なバスケ選手が薬物の過剰摂取の疑いで死亡。ダニーは彼と関わりのある麻薬密売ギャングを調べることに。エリンは、何年も前に有罪に追い込んだ男がえん罪だった可能性が出てきたため事件を再調査。そしてジェイミーとエディが担当する立ち退きトラブルに関して、カーンズ大司教 (ステイシー･キーチ) がフランクの元へやって来る。

ダニーとバエズは、暴力亭主と別れたシングルマザーの殺害事件を担当。フランクはダットン市長 (ロレイン･ブラッコ) が刑務所の独房監禁を廃絶したあおりを受け対応を迫られる。ジェイミーは薬物を過剰摂取した若い女性を助けようとして予期せぬ結果を招いてしまう。

ギャングの裁判で有罪証言をする予定だった刑事が射殺され、ダニーとバエズが捜査することに。一方フランクは、ギャレットが自宅でSWATに取り押さえられたため原因を探る。そしてエリンはアンソニーの反対を押し切り、秘密の情報提供者を雇うが…。

悪名高い人身売買業者チャオ･リン (ティア･カレラ) の裁判を担当するエリンだったが、担当判事が遺体で発見され大ピンチ。ダニーとバエズが殺人事件の可能性を探る。一方ダットン市長 (ロレイン･ブラッコ) はフランクが掲げる地域警備の新構想に大反対。

フランクは市長からパレードに参加するよう命じられるが、それはかつて警官襲撃を画策した罪で服役した男を称えるものだった。ダニーは失踪して13年ぶりに帰ってきたという少女、セレーナ･ムーア (キャロライン･プルータ) を捜査。ジェイミーとエディは不当に働かされている疑いのある女性を助けようと奮闘する。

シーズン8、第1話。退職しようとしていたダニーだが、エリンの元夫ジャック (ピーター･ハーマン) が事件に巻き込まれたため、捜査を手伝うことに。一方ジェイミーとエディはカップルを装い潜入捜査を行い、フランクは新たに就任したニューヨーク市長マーガレット･ダットン (ロレイン･ブラッコ) と衝突する。