死の商人･ジェームス商会にメルカロイXと大谷を渡そうとしている組織と大門軍団の戦いは続く。白川でメルカロイXを積んだトラックを追跡し、組織の戦闘部隊と再び戦闘になるが、それは組織の陽動作戦だった。そして、ジェームス商会のものと思われる謎の潜水艦が行動を開始し、検問では南と五代が組織の一団を観光バス内で発見。五代が乗り込んでメルカロイXの捜索にあたる。

東都工業大学の研究室から重要な金属物質が盗まれたと匿名の電話が入る。しかし、大学側は知らぬ存ぜぬで要領を得ない。どうやら本庁が陰で動き、箝口令を敷いたらしい。警察学校同期の結婚披露宴のため会津にいた山県は、物理学者の大谷 (下條) が何者かに拉致される現場に遭遇する。一方、東京では運河から東都工大の中山助教授の射殺体が引き上げられた。中山の自宅からは500万円の大金と謎の地図が発見されるが、遺体を本庁が持ち去ってしまう。

破天荒な山県に続き、またひとり新人が配属されるという。その新人刑事･五代は、出動した鳩村たちを尻目に、自前のパトカー"SUNDAY"を駆り郵便局強盗犯の米倉 (草薙) を逮捕した。取り調べていると、現金輸送車が襲われるというネタと引き替えに、米倉は減刑を求めるが五代は突っぱねた。そして、その言葉通り事件が起きる。

宝石の密輸組織をあぶり出すために、鳩村が組織のバーにバーテンダーとして潜入し、捜査を開始。組織に取引を持ってきた山田と名乗る小売り店のバイヤーの写真を見た大門は、10年前に因縁のあった山県という元ボクサーではないかと気付き、調査を命じた。すると山県は、木暮が大門軍団に配属させた新任刑事であることが判る。山県は大門への手みやげに、組織のボスを捕えようと画策し、接触していたのだ。

沖田の体は刻一刻と病魔に侵されていった。自覚症状が強くなっていく中、銀行強盗事件が起き、逮捕には成功するものの沖田の病状は大門、そして木暮も知るところとなる。あと数日の命だと悟った二人は、沖田の命ある内にこの事件解決をさせたいと願う。

人質を取っていきり立つ犯人に、命の大切さを真摯に説き、逮捕することに成功する沖田。その姿に南も大絶賛。しかし、沖田が西部署に来て1年、大門と木暮は沖田に迫り来る病魔を思い、やり切れない想いでいた。バースデイ･プレゼントを渡しパーティーをしようという明子に応えることもできず、ひとり最後の誕生日かとつぶやく沖田に無言電話がかかってくる。翌朝、沖田の情報屋だった男が死体となって発見された。

刑事部屋では、沖田と明子が最近いい感じだともっぱらのうわさ。と、鳩村の情報屋から30丁の拳銃とその弾薬の密売ネタがもたらされ、逮捕に向かうが、まんまと犯人に逃げられてしまった。捜査の結果、犯人の末松 (片桐) と山田 (庄司) は運び屋で、黒幕が背後にいることが判る。末松を捕まえ、山田はブラジルへ高飛びしたことを突き止めるが、その黒幕であり末松の義兄の泉 (田中) は、拳銃の在りかを知る末松を釈放させるために明子を誘拐した。

スクラップ工場の廃車から、3人の男の死体と高純度のヘロインが発見された。殺された三人は、レーサー堀田のメカニックを務めていたことがわかる。堀田によれば、三人は車を盗んで売り飛ばしていたらしい。やがて、高純度のヘロインを売りたがっている男がいるという情報が入る。その男とは、なんと堀田だった。

銀行強盗犯の三沢 (森) を逮捕した沖田と鳩村。盗まれた金は全部戻ってきた。残るは共犯者の横井 (遠山) と野山ユミ (野平) の逮捕だ。ユミの逮捕に成功する沖田と鳩村だったが、謎の男たちが襲いかかってきて、3人の逃避行が始まる。一方、帰りの遅い沖田たちを心配しつつ事件を洗い直していると、三沢たちが銀行を襲った際に、商事会社の社長･小坂 (原田) の貸金庫から何かを持ち出したらしいことが判る。

城西デパートの岡崎社長 (根上) の娘･かおり (西) が誘拐され、張り込みを行う大門軍団だったが、かおりを乗せた犯人の車が追跡中に突然タイヤをパンクさせ、コントロールを失って崖から転落した! 結果、爆発炎上して二人の犯人とかおりが命を落とした。沖田は犯人の車が崖から落ちる際に大口径ライフルの銃声を耳にしていたが、現場から銃弾が出てこない。炸裂弾が使われている可能性もあり、弾丸は残らないという懸念が生まれる。狙撃手の正体と目的は…?