凶悪犯･阿久根忠行 (伊吹) が武蔵野刑務所から脱獄し、岡山県へ逃亡した。山県は阿久根の目的が、山県の元上司で今は下津井電鉄に勤める元警部補の栗原重吉 (佐藤) の殺害にあると踏む。阿久根を逮捕したのがその栗原だったからだ。平尾と共に岡山へ向かった山県は、下津井電鉄のタクシーが爆破される事件に遭遇。刑務所仲間だった成毛久 (上原) というマッドボンバーと他二名の存在も浮かび上がる。

武蔵野刑務所を出所した日下寅吉 (玉川) を出迎えた南は、足を洗う決心をしたと語る寅吉の言葉を聞いて安心する。3日後、極東商事の松岡常務 (小林) が射殺される事件が起き、目撃者の情報から松岡家に侵入した賊は寅吉であることが判明する。

星野弁護士 (相原) の射殺現場に居合わせたナイトクラブの歌手･佐藤真紀 (麻丘) の証言で犯人は橋本達男 (山西) と判明。早期逮捕に至る。しかし、真紀に面通しをさせると別人だと証言し、橋本は釈放となった。大門は橋本に殺人を依頼した人物と物証の割り出しを指示し、鳩村には真紀が証言を覆した謎を追わせた。

大量のヘロインを持ち込んだ香港マフィアのビル山田を追う大門軍団。ところが、当の山田から「消される。保護してほしい」との連絡が入る。しかし山田は狙撃され即死。五代は、正確なその狙撃の腕前に、元防衛隊の射撃の名手･中森を思い出す。中森は犯行を認めたものの、人質をとって逃走をはかった…。

2億数千万円が、ダイナマイトをくくりつけたラジコン飛行機に襲われ、輸送車ごと奪われてしまう。が、実は、現金は無事だった。南刑事が新聞紙とすり替えておいたのだ。犯人側は、現金を得るため西部署を脅迫してくる。そして、派出所が爆破され、「もっと大規模にダイナマイトを仕掛けた」と予告してくる…。

ディスコの客が射殺されたが、目撃者も多く事件は早期解決かと思われた。しかし、犯人･飯沼彰 (内藤) と一緒にいた女が本庁四課の鬼刑事･田代栄治 (神山) の娘･純子 (澪) であることが判り田代に確認を取るが、頑として否定され捜査は難航していく。

通常の1時間枠を倍に拡大した新春スペシャル版。名古屋の日銀支店から、100億円相当の金塊が盗まれた。事件解決を一任された木暮は、大門軍団を名古屋に向かわせる。犯人の一味で拘置所に拘留されているパイロット･日高を脱走させ、背後関係を突き止めようとするが…。勝新太郎などがゲストで出演。

ウランを奪った犯人は滝沢礼次郎 (小野) と伊庭亮 (南城) というアナーキストとその一味だった。滝沢から送られてきた声明文には、本日4時に仙台市内で製造した核爆弾を爆発させると書いてあった。中里親子は発見されるが爆弾の設置場所は判らない。タイムリミットまであと4時間、手掛かりは雅也が見たクレーン車という情報のみ。

核燃料を搭載したトラックが武装した謎の一団に襲撃された。盗まれたトラックは見つかったが、実験用の高濃縮ウランが盗まれており、犯人が核爆弾を製造する可能性も出てきた。手配していた保冷車が仙台市に現れたという目撃情報がもたらされるが、原子物理学の中里圭一郎助教授 (広瀬) が息子の雅也 (斉藤) と共に誘拐された。大門たちは宮城県警に急行して捜査を開始。

木暮が妹のように可愛がっていた江波悠子 (宇佐美) と10年ぶりに再会し、旧交を温めている頃、西部署では亜細亜商事の三田村社長 (武藤) の娘･恵子 (松田) が、誘拐後に殺害された事件の捜査に動いていた。身代金を運んだという江波 (新海) という営業課長も行方不明になっていたが、現場から逃げた男のモンタージュが江波に似ていることが判る。彼が犯人なのか?

タンクローリーが強奪された。犯人の武藤は、車が停止すると爆発する風圧爆弾をタンクローリーにとりつける。武藤のねらいは、妹の交通事故死が、本当は拳銃密売組織による殺人であったことを証明するためだった。大門は、拳銃密売ルートを追わせるが、意外にも警視庁特捜部警備･野村が黒幕として浮かぶ…。

「国家試験…。」という言葉を残して、射殺された国松。大門は、刑務所で印刷されている医師国家試験や司法試験の答案用紙の漏洩ルートがあるのではないかと考える。その黒幕をあぶり出す役を、チョンボ続きの刑事･平尾一兵が買って出る。そして、背後の黒幕は、代議士･黒田であることがわかるが…。

大将 (山県) は西部署に柔道の稽古に来る小学生･鈴木洋介 (六浦) を"二等兵"と呼んで可愛がっていた。情報屋のネタで、韓国から運ばれてくる麻薬の運び屋を追っていた鳩村たちは、運び屋の相馬二郎 (関川) に気付かれ逃亡を許してしまう。

総会屋や悪徳サラ金、暴力団の事務所を襲い、殺人と現金強奪をする事件が、たて続けに発生。折しも、女子大生が、あやしい男たちに襲われているところを鳩村が助ける。その際、賊が発射した拳銃弾が、一連の事件のものと同一であることが判明。やがて、捜査線上に浮かんだ男は、元東部署の捜査一係刑事だった。

飛び降り自殺をしようとする女性 (岡本) を助けた鳩村。その姿を目撃した学校新聞委員の小学生3人が取材に訪れた。事件が起きて颯爽と出動していく鳩村の姿に、子供たちは大興奮。帰り際に少年たちは指名手配犯の矢野昭二 (二瓶) を見かけ、鳩村に尾行中だと電話をしてくる。相手にしない鳩村だったが、矢野が凶悪犯であることを知り軍団総出で少年たちの後を追った。

香港マフィアをバックにもつ岡本源三 (睦) が覚醒剤を針尾商事や銀竜興業に流さないため、中毒者たちがパニックになっているという。岡本の情婦である小池礼子 (中島) に身分を偽った木暮が接触する中、シビレを切らした針尾商事が、岡本の片腕である佐久間 (岡崎) に脅しをかけた。

銃の密売人の取り調べで、矢島通 (中田) という男が、政治家暗殺のテロを企てていることを知る大門たち。誰を狙っているのか見当もつかないが、保守党の小倉幹事長 (外野村) が拉致された。木暮の指令で再び山形県に飛ぶ大門軍団。

亜細亜重工の技師が水銀弾によって射殺された。この弾が日本で使われたのは、7年前に山形県酒田市で現金輸送車が襲われた事件で、犯人の前川良治 (千波) は元防衛隊の特殊部隊員であり国外逃亡をしたとみられていた。被害者は3日前に最新鋭ミサイル「MX-83」1基と共に消えた5人の技師のひとりだった。

モトクロスの大会に向けて練習する白バイ警官の池内 (山西) と、その練習に付き合う鳩村。突然その二人をライフルで乱射して襲う男たちが現れた。二人は難を逃れるが、池内は襲われる心当たりはないという。だが、護衛に付いていた平尾たちをまいて、池内は姿を消す。

建設会社社長の娘が誘拐され、犯人は1億円を要求してきた。犯人は、バーテンの江上を現金の運び屋に指定。大門は江上に1億円を持たせ、指定の喫茶店へ行かせる。大門軍団は江上をマークするが、途中でトランクがすり替えられ、1億円は奪われる。大門は、トランクすり替えのトリックを崩そうとする。

日本国際銀行に「10億円をデパートの屋上からまけ。さもないと幹部を殺す」との脅迫状が届く。それを無視すると、幹部二人が次々と射殺され、要求はさらに厳しいものになる。やがて狙撃犯･望月が割れるが、何者かに殺されてしまう。望月は、国際銀行の地下に保管される100億円のダイヤのことを言い残して死ぬ。

九州での事件を解決し、新聞でも賞賛され意気揚々の大門軍団。そんなとき、男たちに襲われたと助けを求めてきた川村今日子 (松本) を救おうとした五代が共に拉致された。五代は今日子を人質に、密輸船の積み荷だった武器や宝石を倉庫から強奪する片棒を担がされる。

津川医師 (北村) の息子･信彦が誘拐され、大門軍団が捜査を開始する。津川の運転手･荒木 (剛) が信彦を連れているものと思われ、荒木の婚約者･清水香 (佐藤) がいるという福岡に鳩村と五代を向かわせる。荒木とは別の男の声で身代金1億円の要求があり、居合わせた大門に福岡まで金を持って来るよう指示してきた。一行は福岡で鳩村たちと合流、誘拐犯のアジトを特定して踏み込むが、今一歩のところで逃げられてしまう。

沖縄の米軍が輸送中の細菌兵器を盗まれた。主犯はロバート･カーソン (ランカスター) という男だった。そんな折、大島紬のデザイナー･松村隆 (山本) が刺殺される事件が起き、被害者が現像に出していた写真の中から、カーソンの写った写真が1枚発見される。

平和な日常が続く中、大門軍団では新しく配属されるニューマシンを交えたフォーメーション案作りに花が咲く。木暮の発案で最新科学の粋を集めた"スカイラインRSターボ"2台が新たに大門軍団に配備され、マシンRSは3台になった。そんな折、3台のオートバイに乗った男たちが、派出所やパトカーに火を放ち警官を殺害。そして、あるクレーン作業員が殺害されたことで、山県は過去の事件で追跡中に事故死した自動車窃盗犯の兄･小川 (市川) のことを思い出す。

五代のボクシングデビュー戦はKO勝利を収めた。この試合は、元ボクサーから送られてきた告発テープを元に、ヤクザ系の総会屋･高見沢 (川合) の一味に五代を潜入させるための餌だった。彼らは若いボクサーを仲間に引き入れては、高見沢が亡き者にしたい人物を殺させ利益を上げていた。

西海銀行の現金輸送車が襲われた。この前にも二件同じ手口で襲われており、犯人はマシンガンを使用し、フェアレディZに乗って犯行に及んでいた。軍団は手分けして現金輸送車に張り付くが、山県と五代が警護するルートにマシンガンを装備した本物そっくりのニセ"スーパーZ"が現れた! 二人はその後を追うが、圧倒的なマシンの性能とドライビング･テクニックにより逃げられてしまう。

銀行強盗犯に奪われた南刑事の拳銃が、ダイナマイト強奪事件に使われる。警察の拳銃が使われたことはマスコミに秘密にされたが、犯人が新聞社にこのことをしゃべってしまった。そして南は、拳銃を返すという犯人･高坂に呼び出され、捕まってしまう。高坂は、ダイナマイトを使って、銀行から金を奪う計画だった。

二人を殺し、1億円の保険金をだましとった神崎が、二人の共犯者がいたことを自供。しかし、その共犯者は何者かによって殺害されてしまう。実は、捜査の情報が、五代刑事から准看護婦の夏川いずみへもれていたのだ。このいずみ、腹違いの兄とともに、神崎に殺された父の復讐をしようとしていた…。

金融会社社長の中村が狙撃されて死亡した。犯人として太田という男が浮かぶが、逃げられてしまう。死んだ中村は、元総会屋･西岡とグルになって、資金繰りに苦しむ会社を食いものにしていた。太田もその犠牲者だった。太田は、西岡の一人娘を誘拐するが、当の西岡は、娘を犠牲にしても自分は助かろうとする。