【シーズン3 最終話】パリで開かれた国際刑事警察機構のシンポジウムに出席した大門は、国際テロリストの首領･ガストン･レグレス (ウルフ) の凄絶な逮捕劇に立ち会い、ガストンはその場で射殺された。それから五ヶ月後の東京で二人のフランス人が殺害された。二人は"ブラッド (血)"と呼ばれる人物を追っていた事実が判明。木暮はブラッドが国際テロリスト･藤崎礼次のコードネームで、ガストンの後継者となるべく、日本で行動を起こす可能性が大きいことを大門に示唆。その企みを叩き潰せと本庁からの特命を伝える。

五代が国家公務員上級職試験に合格した。これで警部補となりキャリア組の仲間入りだ。本庁からも捜査一課への転属という打診がきているという。当の五代は非番で明子とのデートを楽しんでいたが、急報を受け殺人事件の現場へと向かった。殺されていたのは麻薬組織の捜査をしていた東部署の遠藤刑事だった。生前遠藤が接触したと思われる岸本三郎 (秋山) という元麻薬の売人を当たるが口は重い。

独り寝の淋しい鳩村に旧友の星野良一 (三好) が、山崎悦次 (草薙) という前科者に婚約者の鳥越みどり (風間) を連れ去られたと相談を持ち掛けてくるが、翌日、交通事故を起こして星野が死亡した。腑に落ちない鳩村は、休暇を取って独自に調査を始めるが命を狙われる。撃たれた弾丸を調べた結果、拳銃は山崎のもので、国立の調べで星野は事故ではなく殺害された事実が明らかに。

東南アジア系の若い女が絞殺された。彼女が勤めていたクラブの佐竹裕子が参考人として呼ばれた。実は裕子はルポライターだったが、頑として口を割らない。調べると、2年前、彼女は、妹をヘロイン組織の一味として警官に射殺されていた。しかも裕子は、恨みのあるヘロイン組織のボス、高沢を追っていたのだ。

麻薬Gメン四人が射殺された。使われた銃を買ったのは、刑務所を出所したばかりの大貫。その大貫の女･千恵は、血液鑑定の権威･桐原の娘だった。個人的に桐原教授と親しい北条は、大貫を捕えるが、千恵は大貫の銃弾で死ぬ。娘の復讐のために立ち上がった桐原は、驚くべき方法で大貫の釈放を要求してくる。

5億円のダイヤが強奪された事件に、大門らは振り回されていた。折しもダイヤのカット技師･古賀が、彼の恋人の中西美紀が出演するクラブの近くで、射殺死体となって発見された。古賀を撃った拳銃は、14年前に美紀の親が被害者になった強盗事件で使われたものだった。南刑事は一味のアジトに潜入するが…。

沖縄那覇中央署から指名手配犯の黒崎年男･信二兄弟 (竹下･柳田) の資料が送られてきた。その頃、木暮は北海道へ引っ越す、旧知の間柄である田島竜一 (内田) の娘･泰子 (森) の送別会を行っていたのだが、そこへ竜一が殺されたという急報が入った。使用された拳銃は黒崎兄弟が使っていたものと判り、しかも竜一は重度のヘロイン中毒だったことも判明する。

武蔵野刑務所を出所した女スリ"ジャガーの常"こと河合常子 (菅井) を出迎えた北条は、常子の頼みで捜し出していた生き別れの息子･竜治 (佐藤) と再会させた。一方、大門軍団は銀竜会のシャブの運び屋が殺された事件を追っていたが、竜治は常子の息子ではなく、シャブの運び屋だということが分かった。

三人のガードマンが射殺され、500キロの金塊が盗まれた。殺されたガードマンの竹田を探ると、通帳に200万円の金の出し入れがあることが判明。竹田の弟で、大事なレースを控えたカーレーサーの和人は、兄の無実を主張する。やがて真犯人がわかるが、和人はレースをあきらめ、自らの手で真犯人を追っていた。

香港マフィア一掃が目前の西部署だが、白バイ警官を殺害する殺人ライダーが現れた。スズキの刀1100を駆るライダーに鳩村が遭遇するが、追跡途中に鳩村のバイクは転倒炎上、同行していた高森巡査 (菊川) は死体で発見された。フルチューンされた犯人のマシンに対抗すべく、鳩村は四時間耐久レース用のスズキ刀1100Rを、土方モータースの土方忠男 (玉川) に警察車輌として完成させてほしいと頼む。

神山経済省長官が園遊会で爆殺された。以前東部署管内で使用された特殊爆弾と同じであり、その犯人は伊庭明 (成瀬) と徹の兄弟で、兄の明はいまだ逃亡中であった。調べてみると徹は獄中で自殺しており、今度は徹を逮捕した巡査が爆殺された。捜査の結果、伊庭明は羽田空港に爆弾を仕掛けに向かったことが判った。

東洋デパートの課長が射殺体で発見され、凶器の銃は一年前に長野県警の派出所から奪われた二挺の拳銃のうちの一挺だと判明。盗んだ犯人は三沢幸司 (森) という男だった。捜査協力で長野県警から権藤庄一 (花沢) という老刑事が西部署に派遣されてきたが、迎えに出た平尾に捜査はひとりですると告げ、取り付く島がない。

チンピラ東祥二の情婦だった美雪が、鳩村の協力でシャブ中毒から立ち直り、故郷へ帰ることになった。その美雪を送って羽田空港へ向かった鳩村。だが、二人が乗ったモノレールは、祥二によって乗っ取られてしまう。祥二は50万ドルを要求し、金の受け取りに成功。しかし、なぜかモノレール内で自殺してしまう。

山県の恋人･由美がニューヨークから帰国。しかし、山県に別れを告げた直後、爆死する。その後の調べで、由美はなんとヘロイン患者であったことが判明。一方、由美と一緒に帰国した町田という男を追及すると、意外な事実が。町田は、ある手段で金を得て、由美のヘロイン中毒を治そうとしていたのだ…。

超豪華マンションの住人80世帯に、1000万円を払わないと殺すと脅迫が。そして、住人二人が殺される。大門は、同マンションの土地をだましとられ死んだ、高木の遺児･英雄と由紀子にたどりつく。その後、犯人から、住人の一人･関東競馬会理事長の郷田に、「レースを工作しろ」と脅迫電話がかかってくる。

OLの殺人事件と東部署管内で起きた森山達夫 (畑中) という自動車修理工の殺人事件。二人の近辺を謎の男が探っていたことが判るが、その男は射殺体として発見され、保険Gメンであることも判明した。先の二人の被害者には保険金が掛けられており、受取人は両方共に高見沢義一 (長谷川) という弁護士になっていた。

「服役中の金井を釈放しろ」と脅迫電話が大門にかかり、犯人は、都内各地で爆弾を爆発させた。やむなく金井は釈放されるが、狙撃されてしまう。山県は、金井が書いた銀行の防犯装置のノートを発見。「奴は銀行を襲うつもりだ」と大門。しかし、これは陽動作戦だった。やがて大門は、金井の狙いをみごと見ぬく。

シャブの運び屋を尾行していた南と五代の目の前で、運び屋を射殺して麻薬を強奪したのは菅野辰男 (佐藤) という指名手配犯だった。菅野が逃げ込んだ団地を捜査するが、その姿は見つからない。実は菅野は、母子家庭の今井初江 (山口) の部屋に潜んでいた。菅野は銀竜会に取引を持ち掛け、初江を代理で向かわせるが、南の姿を見掛けて引き返す。

日本警察官射撃競技大会での優勝祝賀会が鳩村のために開かれた。しかし、その夜から鳩村の行方が判らなくなる。一方、インターポールの捜査官、C･H･ハミルトン (エス) の遺体が見つかり、日本のどこかに暗殺者を養成する機関があるという信じられない情報がもたらされる。ハミルトンはその調査のために日本に来ていたのだ。

盗まれたダイナマイトから還元されたニトログリセリンを積んでいたトラックが、大阪で爆発事件を起こした。大門はそんなことができるのは、日本では爆弾魔の坂本 (内田) だけだと思い至り捜査を開始すると、千里のレストランチェーン店に脅迫電話をかけてきた小泉 (大下) という共犯者が捜査線上に浮かぶ。

ファッションモデルの島本冴子 (浅野) が会見場から姿を消した。その夜、京都で冴子が殺人事件を起こしたとされ、大門たちは京都へ向かった。事件は、宝酒造の中央研究所から二年前に盗まれた「A-60」という酵母菌を巡って複雑な展開を見せ始める。A-60は国家規模の発見で、海外流失するとその損失は計り知れない。

3年前に手配されていたニセドル札を持つ、米国の保健Gメンが殺された。その妹･夏川エリ (小野) の足取りを追って、鳩村と平尾は大阪へ向かった。Gメンは元FBIの捜査官で、ニセ札事件のボスを取り逃がしていた過去があった。彼は消えたボスと原板は日本だと突き止めて来日。エリは兄の無念を晴らすべく行動していたのだ。

西部署から出て来た出前持ちが、犯人によって故意に轢き逃げされる。追跡した北条と山県は、マシンXと見紛うほどの性能の車とドライビングテクニックにより取り逃してしまう。実は、5日前に本庁からマシンXが盗み出されていたのだ。そして犯人達は少女･池田由美 (中曽根) を誘拐し、1億円の身代金を要求。見せしめにパトカーを爆破し、二名の巡査を殺害した。

半導体会社の女性研究員が死んだ。大門は、過去2件の似たような迷宮入り事件を思い出すが、それらには、野上経済研究所がからんでいると見られた。数日後、木田という男が殺されるが、これは経済研究所の野上のしわざだった。実は木田は、野上の殺しの計画を知って、野上を脅迫したために殺されたのだった。

殺人事件の現場で、山県は港南署時代の同僚である寺光祐司 (目黒) と偶然再会。被害者は安井五郎 (若尾) というチンピラだったが、目撃者の証言から犯人は寺光である可能性が浮上し、山県は古巣の港南署に向かった。ところが寺光は既に刑事を辞めており、さらに4日前に妻が自殺したらしい。山県は寺光の自宅を訪ねるが、そこに掛かってきた電話の主は寺光で、犯行を認めた上、これからも殺しを続けると宣言する。

サラ金強盗犯･川口が射殺され、彼が奪った1000万円が消えた。その頃、川口を子分扱いしていた暴力団の取り立て屋･岩見が、猛烈に金を集め始めた。大門は、殺された川口のために金を集めていると判断。あるいは岩見は、川口を殺した相手を知っているのか…。一方、岩見の動きに、旭会の望月は不審を抱く。

のどかな昼下がり、女子大生の車が爆破された。結婚を3日後に控えた持ち主の神崎由美子 (神保) はその車を友人に貸していたため難を逃れたが、借り主は爆死。平尾と五代が警護に就く中、由美子が拳銃を持った男に襲われた。犯人は由美子に横恋慕する村岡栄治 (矢野間) と判明するが行方不明。囮の結婚式で彼を誘き出すことに成功するが、追跡途中に転落死してしまう。村岡が犯行に使用したIC爆弾とイタリア製の拳銃から彼の背後に何者かの影を感じる大門軍団。

目黒区の西中学校で、少年による猟銃乱射立て籠もり事件が発生する。犯人は3年生の辺見辰男 (番場) で、4人の女子生徒を人質に体育館に立て籠もっており、そこへテレビ東洋のカメラを入れさせ、全局での全国放送を要求してきた。さらに、校長とPTA会長に謝罪させろと言う。

キャバレーのボーイ･通称グッチがからまれていたのを助けて以来、平尾刑事はグッチに慕われていた。グッチはボクサーを夢見ていたが、玲子に惚れて以来、地道に働くようになる。平尾はライフル強奪事件の捜査に追われていたが、捜査線上に東内という前科者が浮かんだ。東内には情婦がいたが、それは玲子だった。

下津井電鉄の事件を解決し、岡山での休暇を楽しんだ軍団の面々は高松市へ移動。ひとり別行動の五代は、知り合いになった朝倉洋子 (五十嵐) と歩いているところを、謎の男たちに襲われる。標的は洋子だった。なぜゴルフボール工場の研究員である洋子が襲われるのか?