【シーズン2 最終話】エリートクラスの息子たち3人が次々に自殺した。やがて、3人とも同じサラ金から金を借りていることが判明。このサラ金は、解散した暴力団の幹部が経営していることがわかった。彼らの手口は、金を貸した後で殺し、その後、借用書を親につきつけて利息でふくらんだ金を脅しとる…。というものだった。

イザべリア国籍のローラ三宅が、何者かに誘拐されそうになる。実は彼女は、イザべリアの生物学者で、偶然に貴重なウィルスを発見し、某国のスパイにその研究資料を狙われていた。大門は、彼女を誘拐しようとしている一味をいぶり出そうと、ある作戦を思いつくが、沖田刑事が一味に捕まってしまう。

ニセ札が出まわり始めた。作成されたモンタージュ写真の男を追って、鳩村刑事は名古屋へ飛ぶ。ところが、モンタージュ写真の男が、犯人一味に殺される。その後、幼なじみの清水洋子と再会した鳩村は、一味に命を狙われる。実は、ニセ札偽造団の一人を洋子が偶然目撃していたからだ。名古屋ロケ編第二弾。

宝石強盗･半沢が捕まるが、西部署の婦警が殺され、「半沢を釈放しろ」と脅迫電話が入る。背後に、名古屋の宝石ブローカーの存在が明らかになり、軍団は名古屋へ。やがて、半沢を長島温泉へ連れてこいとの電話が入る…。全国縦断ロケ第4弾･名古屋編。長島温泉での大群衆の中での捜査シーンが見もの。

新任の刑事･南が赴任する日、護送車が襲われ、ライフル魔の矢吹が奪われた。が、南刑事と彼を迎えに行った平尾は、一味の一人を逮捕したものの、矢吹ともう一人の襲撃犯は脱出。木暮と大門は、矢吹の射撃の技術を利用して、何者かが殺人を計画していると考えた。そんな中、南刑事の取り調べ方に批判が集まる。

警察官が殺されるという事件が続発する。浜刑事が捜査を始めるが、また警官が撃たれる。浜は、ホシは元警官ではと考え、塚本という男に突き当たる。塚本は、同僚の報告がもとで懲戒免職になった元警官。塚本は、その復讐にのり出したのだ。浜は、塚本を追いつめて行くが、塚本の凶弾に倒れることになる…。

宝石店社長の娘、永松洋子が誘拐された。洋子は腎不全患者で、一刻も早く救出しないと命が危ない。犯人から連絡が入り、北条刑事が現金を持って指定の喫茶店に行くと、何と銃を持ったシャブ中毒の男が飛び込んできて喫茶店ジャックされてしまった。しかし、この喫茶店ジャックは、犯人たちの芝居だった…。

殺された私立探偵の工藤は、15年前警察官を殺し、強盗を働いた河辺の写真を銀行の貸金庫に隠していた。河辺が、工藤にゆすられたために彼を殺した、と大門は判断。ところが、工藤の体内から摘出された証拠の弾丸とともに、鑑識課員の国立の姿が消える。殺された警官は、国立の身代わりだったのだ…。

浜刑事の娘の友人で、モデルのはるみが何者かに爆弾で狙われた。犯人は爆弾魔の辰巳であることがわかったが、その辰巳と情婦は殺される。しかし情婦の持っていた貯金通帳から佐泊という弁護士が浮かんだ。実は、はるみは金融王の孫で、60億の遺産を受け継ぐことになっていた。その遺言執行人が、佐泊だった。

アメリカから送られる現金1000万ドルの輸送を、大門らが担当することになった。たまたまバスジャック事件が起こり、乗り合わせた北条刑事は人質になる。実は、犯人は現金輸送のルートを知ろうと、北条の乗るバスを狙ってジャックしたのだった。もう一人の人質･マリ子は、現金輸送車の運転手の娘だった…。

神奈川県警の元刑事･木下が殺された。かつて木下と一緒にヘロイン密輸組織を追った沖田刑事は、その事件で逃した軍司という男を再び追うことになる。捜査線上に浮かんできたのは、順子という軍司の女だった。彼女が軍司からヘロインを預かっているらしい。この順子、実は以前は沖田の恋人だった…。

西部署に搬入されるはずの拳銃20丁が、何者かに強奪され、警察官二名が即死するという事件が起きた。その拳銃を強奪した犯人も、マンションの一室で射殺される。マンションに残された留守番電話を頼りに、大門軍団は、北海道に向かうのだが…。1時間30分に拡大した北海道ロケ編。

乗用車が、ダンプに追突され、運転手が射殺される。乗り捨てられたダンプからは、ヘロインを検出。工藤という出所したばかりの男が浮かぶが、工藤は自分が以前属した竜神会へのり込む。実はこの工藤、妹と花屋を開く資金を作るために、身代わりで服役したのだが、妹はヘロイン中毒にさせられてしまっていた…。

西部署に、ヘロインの取り引きが行われるとの若い女の密告電話が入った。大門は全員を現場に急行させるが、一味に気づかれて逃走される。病院でヘロインの在庫数を当たっていた沖田刑事は、西部署の係長･佐川と看護婦･月岡が接触している現場を目撃。佐川係長と月岡との関係は…? 歌手･松本伊代がゲスト。

カムバック･サーモン運動が展開される札幌･豊平川から、塩酸エフェドリンが検出された。覚醒剤の密造工場が札幌にあるとにらんだ大門は北海道へ飛ぶ。サケが豊平川に帰って来るのを待ち望む、水質研究所の所長･林。しかし息子の栄治は、一連の覚醒剤事件に関連していた…。全国縦断ロケ第3弾･札幌編。

鳩村刑事に爆破予告電話が何度もあり、それは現実となった。犯人の一人は西部署のマシンRSをよこせ、と迫る。さもなければ、ホテルを爆破するという。しかたなくRSを引き渡すが、犯人はRSのコンピューターにつまっている極秘情報を引き出し、イタズラを始める。そして、本格的な爆破予告をしてきた…。

四人のロックグループが、ルポライター横山の射殺事件の犯人を目撃。四人は犯人に狙われたが、平尾刑事に助けられる。事件の原因は、来日するアメリカの上院議員の暗殺計画を横山がキャッチしたためだった。大門に、上院議員警護の命令が下るが、議員を護るには、暗殺団の動きをつきとめなければならなかった。

黒こげの死体が発見され、被害者は金髪の女性であることが判明。折しもヤクザが、アメリカから日本へ偽造パスポートで踊り子らを送り込んでいる、との情報が入る。やがて竹内というチンピラが、殺された女と一緒にいたことがわかり、北条を二等航海士に仕立てて接近させる。しかし、この北条の身分がバレた…。

拳銃3丁が、元強盗犯･大津の手に渡ったと知って、大門らは緊張した。大津は仲間と共に、大学の微生物研究所からコレラ菌を盗み、理事長の娘･礼子を誘拐。礼子に菌を感染させて5億円を要求してくる。礼子は、24時間以内に救出しないと命が危ないという。大門は、現金受け渡しの際がチャンスと見るが…。

事故が多いという理由で、鳩村が指揮する特機隊に解散の通告が本庁から届いた。折しも、ライダー強盗団が、鉄砲店から散弾銃や銃弾を強奪。一味をオートバイで追った鳩村は転倒し、負傷する。一方、ライダー強盗団は再び鉄砲店を襲うが、暴力団青竜会会長の森下が一味の黒幕にいることがわかる。

ヘロイン中毒者が、密売組織に次々と殺される。沖田刑事が赤塚という容疑者を発見、銃撃戦の末、射殺。ところがこの赤塚、拳銃もヘロインも持っていなかった。沖田は人殺し刑事のレッテルを貼られる。大門は、沖田を助けるために、ヘロイン強奪の芝居を打って、ヘロイン密売組織をあぶり出そうとする…。

雑貨商･大曽根を追って、三人の男がマシンガンを発射。買い物客を死傷させる事件が発生した。犯人の自供により、大曽根は10キロのヘロインを持っていることが判明。大曽根を追って、大門軍団は広島へ。大曽根は、船上でヘロインを取り引きするらしい…。広島ロケの第2弾。瀬戸内海を舞台にした銃撃戦が見もの。

暴力団員･土倉純司が、現金輸送車を襲って5000万円を奪った。広島で井上という爆弾魔が殺されると、その体内から土倉の拳銃弾が出てくる。大門軍団は広島へ乗り込むが、土倉は市電に爆弾を仕掛け、身代金を要求する…。全国縦断ロケ第2弾の広島編。市電を使ってのアクションと、市電の爆破シーンが見もの。

平尾刑事は、防衛隊で同期だった友人の子･健一とともに何者かに誘拐された。平尾は、梅津と柏木という二人の男に脅迫され、防衛隊訓練所からの銃の強奪を手伝わされる。事件解決のために動き出す大門軍団。そのころ、梅津を殺して自分を助けてくれた柏木に、平尾は友情のような感情を持ちはじめていた…。

西部署管内で覚醒剤と拳銃による事件が相次ぎ、売人として松本が浮かぶ。しかし、松本の身柄は東部署の服部刑事に押さえられてしまう。しかも、松本は釈放。ところが、轢き逃げされ死亡する。やがて、右翼の大物･金井と、その右腕･米沢が浮かび上がるが、米沢は死亡。金井への線は切れたかに見えたが…。

暴走ダンプから2億ものニセ札が発見された。ニセ札の特徴から、ニセ札造りの前科者、岩田と室谷が浮かぶが、二人とも殺されてしまう。やがて海老原こと揚竜光という香港マフィアの大物の存在が浮上する…。最新の装備を持つマシンRSとスーパーZの、二台の強力な"新人"マシンのデビュー編!

10年前の強盗犯･笠松が、鉄砲店を襲い散弾銃と実弾を奪って逃走。二宮は、大門らに黙って単独で笠松を追い始める。それは、かつて捕り逃がした笠松を自分の手で逮捕し、その上で刑事生活に別れを告げようと思ったからだった。そして笠松が、日銀本店へ運ばれる20億円の金を狙っていることを二宮は知る…。

鳩村の情報屋･小杉と八木、そして、来日した鳩村の恋人･マリアまでも殺されてしまう。怒り悲しむ鳩村。しかし、マリアは実はFBIの麻薬捜査官であり、ヘロインの売人を追って来日したことがわかる。やがて、一連の殺しの犯人は、ヘロインの売人と取り引きしようとしている中畑であることが判明する…。

浜刑事が手がけた10年前の強盗事件の犯人･安井が生きていた。強盗事件の際に宝石を独占し、さらに安井の妻をも殺した暴力団竜神会の元幹部に次々と復讐する安井。その安井と浜は、なんと戦友同士で、さらに浜の娘の幸子は、実は安井の娘だった。竜神会は、幸子を誘拐して安井をおびき出そうとする…。

M16密輸組織を追いつめた大門軍団。ところが、肝心のM16は、不動産屋･山根らの手で奪われていた。さらに山根の背後には、かつて金の密輸を手がけていた杉森が控えていることが判明。折しも、10トンの金塊が、杉森らに強奪される。静岡ロケ後編。浜名湖での遊覧船との激闘、そして遊覧船爆破が見どころ。