【シーズン1 最終話】田村という若い弁護士が射殺された。次いで、田村が勤める法律事務所の所長、北島も狙撃されるが、無事。実は北島は、2年前に遭った交通事故の加害者で、多額の賠償金を払い、服役もしたヤクザの下田から逆恨みで狙われているらしかった。さらに北島の長女が登校途中、撃たれるという事件が発生する。

麻薬取締官の水沢が殺され、容疑者として恐喝屋･藤城薫と只石健が浮かぶ。しかし二人は北条刑事に無罪を訴える。実は水沢取締官は、ヘロイン組織に潜入させた取締官のリストを記した手帳を持っていて、組織はその手帳をとりあげようと、薫と健に水沢をいためつけさせ、その後手帳をとり上げようとしたのだった。

松田刑事が死んで、意気消沈していた大門軍団。そこへ突然、木暮課長が帰ってくる。折しも松田刑事が使っていた情報屋が射殺され、犯人はヘロインの密輸をやっているらしいことがわかる。木暮課長のゲキのもと、大門軍団は団結して犯人を追う。病気静養のため姿を消していた石原裕次郎が復帰し、活躍する。

寺尾聰殉職篇。松田刑事の本庁栄転が決まりつつある頃、「越川という男を釈放しろ」との脅迫電話がある。釈放を果たすため、一味は無差別狙撃という手段に出た。松田は、アジトをつかむため越川をわざと逃がす。一味が仕掛けた爆弾の爆破時間が迫る中、松田は捜査を続けるが、一味の銃弾を全身に浴びる…。

武蔵野刑務所を脱獄した男が殺され、犯行現場を見た警察官や殺された男の情婦も殺傷される。この事件は、半年前に同じ刑務所で起きた寺島という男の脱獄事件に似ていた。大門は、脱獄屋が裏で関係していると見て捜査を始めるが、事件のカギが刑務所内にあると見て、松田刑事を潜入させる…。

7年前、暴力団による土地乗っ取りに反対して商店会長が殺された事件で、谷刑事の説得で証言した須藤勇が殺された。谷刑事は、7年前に勇の証言で暴力団の幹部が捕まったことを知るのは現商店会長･一柳だけであることから、一柳が裏切ったとみる。しかし、谷刑事を恨む勇の姉･弓子は、谷を刺してしまう。

宿直の夜、平尾刑事に電話で助けを求めてきた仁科順子という女が何者かに襲われて記憶を失った。折しも、白バイが盗まれ強盗事件に使われるが、白バイを盗んだのは順子の恋人の白バイ隊員･山岡だった。順子の記憶を取り戻そうと平尾は襲われた現場へ順子を連れて行くが、二人は何者かに襲われる…。

息子を連れて買い物中の和枝が、何者かに撃たれて死んだ。5歳になる息子の健一は、母の死を知らないまま、鳩村刑事になつく。犯人捜査が進展しないうちに、鳩村にかかわりのある人物が次々に殺される。その手口に鳩村は、自分に恨みを持つ一人のマフィアの殺し屋を思い出す。やがて、魔の手が健一にも及ぶ…。

北条刑事の友人の白バイ隊員が特殊弾丸で撃たれて死んだ。犯人の川口は所属していた暴力団に殺される。大門は、特殊弾丸の製造密売ルート解明に全力をあげる。そこで浮かんだのが黒木吾郎だった。吾郎は自分が作った弾丸が殺しに使われたことを知って、雇い主･佐伯を裏切ろうとするが…。

現金を横領した女子銀行員を殺した容疑で手配中の奈良という男が殺された。現場から立ち去ろうとした杉本を目撃した鳩村刑事は、杉本を追跡するが逃げられる。一方、大門は商工組合職員の杉本悠子が500万円を引き出したまま行方不明になっていることを知る。暴力団に追われる悠子は、杉本の妹だった。

都市開発公団総裁･笠原が狙撃されて死んだ。犯人土井は、警察官に射殺され一件落着かと思われた。しかし大門は、銃弾が二方向から発射されていたことを見抜く。土井の周辺を洗うと、元防衛隊狙撃班の尾崎吾郎が浮かんでくる。その尾崎が次の犯行のために、高性能狙撃銃を入手したことを突きとめた…。

チンピラの佐々木ジュンを松田刑事が署へ連行中、何者かに狙撃されるが未遂で終わる。ジュンのもとから逃げた女･前川ユミこと早坂恵子は、実は狙撃者･三井の情婦で、三井は恵子にある犯罪の計画を教えた。三井は、恵子がジュンにこの計画をもらしているとみて、ジュンの口をふさごうとしていたのだ。

1年前、源田刑事が傷害罪で挙げたことがある杉下は、アメリカで麻薬の運び屋を殺し、5キロのヘロインを横取りしてFBIから指名手配された。その杉下、密航して日本に帰国し凶悪な銀行強盗を重ねていた。大門は、杉下は麻薬をエサに銀行強盗をやらされていると考え、弟･治郎に必ず接触すると踏んだ。

大門が何者かに誘拐された。係長･二宮は、全員に大門の行方を追わせるが、その大門は、ガンショップから高性能ライフルを買ったことがわかる。実は大門、右翼の大物･日高とその配下に誘拐されていたのだ。日高は、大門の射撃の腕を利用し、来日する経済学者を暗殺しようとしていたのだ…。

鳩村刑事は強盗犯の黒木を護送中、仲間に黒木を奪回されてしまった。鳩村は捜査命令を無視して単独行動をとるが、実は黒木を奪回された際に鳩村は一味の中に従兄弟を発見したのだ。従兄弟の父―鳩村の伯父は、退職を前にした本庁警ら課の鳴神警視。鳩村は、伯父の名を傷つけまいとしたのだった…。

3トンの金塊輸送の警備を依頼された大門軍団。万全の体制を敷いたものの、奪われてしまう。犯人らが浮かび上がるなか、大門軍団に第二次金塊輸送警備の命が下った。成田へ集結せよとの命令だったが、大門はなぜか羽田へ行けと命ずる。羽田に向け、大門が命じて作らせた強力特殊車両"サファリ"が走る…。

前田製鋼会長の長男とその息子を誘拐団から救出した大門。だが、敵は新たに義平の姪の沢木しのぶを誘拐した。やがてガードマン会社の会長･黒川が一味の首領であることが判明。が、黒川は対戦車ミサイルを放って、逃走。そして巨額の身代金を要求してきた。大門は、軍団の切り札･鳩村刑事に密命を下す…。

前田製鋼会長･前田義平の次男で、同社副社長･真二郎が誘拐され殺された。そんな折、鳩村という男が運転手兼ボディーガードとして前田邸に雇われる。ところが、社長で長男の昭一郎とその息子も誘拐されてしまう。大門へ、鳩村から「一味の隠れ家を発見した」との連絡があるが…。舘ひろしが再登場。

15年前、両親を二人組の強盗に殺され、犯人を探していた落合伸子は犯人の一人、金子をついに発見するが逃げられる。ところが、金子は殺されてしまう。もう一人の犯人も判明するが証拠がない。金子が大事にしていた行方不明のバッグに証拠の品があるのではないかと、大門はバッグの行方を追わせる…。

ボクサーくずれの徹は、車の窃盗常習犯だったが、大門らの努力でいまは立ち直り、トラック野郎。徹には城東高校の保健婦をしている直美という婚約者がいたが、轢き殺されてしまった。直美は、高校生を対象にした覚醒剤密売グループの一味であったらしい。徹は、一味の山岡という男に復讐しようとした…。

化学会社からダイナマイト500本が奪われた。その事件を、大門に憧れるチンピラの坂田二郎が西部署の松田刑事と名乗り独自に"捜査"していることがわかった。そんな折、地下街で爆発事件が発生。犯人を尾行していた二郎は負傷するが、元過激派の柿沼や強盗の前科がある中山らが犯人として浮かぶ。

ルポライターの小野沢が轢殺され、一緒に大きなネタを追っていたカメラマンの小俣も殺される。小俣が持っていたマイクロフィルムには、2億5000万円を横領して逃亡している大西の姿が写っており、さらに人間を極秘にマカオへ運ぶルートの存在も浮かび上がる。そこで松田刑事がオトリとなって潜入するが…。

宝石店を襲った犯人の車は、パトカーの追跡を驚くべきテクニックで振り切って逃走。やがて、前科四犯の溝口が浮かび逮捕され、さらにバーを経営する佐伯君子という女が浮上。君子の息子の秋元昇は日本を代表するトップレーサーだった…。幅28mの運河をジャンプして飛び越すカーアクションも見もの。

銃砲店主が殺され、ショットガン4丁が盗まれる事件が発生。西部署は容疑者･谷沢を逮捕した。ところが、谷沢の仲間から脅された平尾刑事が、その谷沢を留置場から逃がしてしまう。大門の推察通り、谷沢ら一味は金の延べ棒を運ぶ車を襲撃。平尾は、一味の隠れ家を突きとめたが、なんとそこは大使館だった…。

覚醒剤を持つ中光物産の金光と、買手の針尾興業の針尾との間でトラブルが生じ、針尾が殺されるという事件が起こる。大門らは、強引な家宅捜索をするが、覚醒剤は出てこなかった。ところが、中光物産の幹部が射殺される事件がおき、凶器は44オート･マグと判明。その凶銃を持つ殺し屋･笠松の存在が浮かび上がる。

松村弥太郎、通称"ヨタロー"の製造した改造拳銃で、組織からシャブ3億円分をネコババした青木が殺された。ヨタローの隣人･岩下は、子供の茂をヨタローに預けたまま行方不明だったが、その岩下もヨタロー製造の拳銃で射殺される。自分の拳銃で茂の父が殺されたと知って、ヨタローは半狂乱になる。

医師4人が爆弾で吹き飛ばされた。犯人は「医者に息子を殺された恨みを晴らす」と連絡してくる。殺人を見たという少女･マリから事情を聞くが、マリの情報はガセだった。ところが再び爆破事件が起き、その現場をマリは本当に見ていた。北条刑事は「どうせまたガセだろ」と、とりあわない…。

凶悪犯･戸倉が刑務所を脱獄。戸倉の脱獄を手引きした矢田部は戸倉に殺される。それとは別に整形外科医の死体も発見されるが、弾丸は同一拳銃から発射されたものだった。犯行に使われた拳銃は、戸倉の情婦が密売人から仕入れたという。戸倉は実は、仲間を集め競輪場の売上げ金を狙っていたのだが…。

ホッケーのキーパー･マスクをつけた七人組の男が、一晩に二つの銀行を襲った。その翌日にも彼らは銀行を襲い、犯人と出くわした松田刑事は重傷を負う。三つ目の銀行で奪われたのは、汚職で渦中の人である代議士の貸金庫の中身。前2行の貸金庫のリストを調べると、やはり汚職に名を連ねる二名が浮かんだ…。

刑務所を出所した赤沢が殺され、さらに赤沢の刑務所仲間の村田も殺される。村田は「犯人は森岡の弟…」と言い残すが、森岡は刑務所内で"事故死"した男。が、あれは殺しだ…という噂も立っていた。森岡や赤沢、村田がいた雑居房で何かあったのではと、調査を開始すると、ひとつのリンチ事件が浮かんだ…。