川口博士が開発した猛毒ガス･ドクロンを手に入れたネオショッカーの怪人マダラカジンは、これを大量生産して人間を皆殺しにしようと企んでいた。川口博士がドクロンをネオショッカーの手に渡したことを知った妹･さゆりは、兄を責める。博士は良心の呵責に耐えられなくなり、その行為を深く悔やむが…。

カナダから日本にやってきた怪人ムササベーダー兄弟は、仮面ライダーにネオショッカーのX作戦の内容を映したフィルムを奪われてしまう。しかし、それは魔神提督の仕組んだ計略であった。本来のプランはXY作戦であり、X作戦で仮面ライダーを攻撃し、その間にY作戦、即ち横浜全滅作戦を遂行しようと企んでいたのだ。

東京中を氷で閉じ込めてしまおうと企むネオショッカーの怪人コゴエンスキーは、戦いの前に捧げる生贄として少女を誘拐する。そして、冷凍ミサイルが秒読み態勢に入る中、仮面ライダーはアジトへの突撃を決行するのであった。

仮面ライダーの窮地を救ったのは、ストロンガーだった。二人ライダーを前にして二怪人は、いったん撤退するが、この裏では新たな計画が推し進められていた。仮面ライダーは、二怪人を倒すためにストロンガーの協力を得て、大回転スカイキックを編み出す。二人ライダーは、新たに二怪人と対決する。

香港の九竜島から日本にやって来た怪人クラゲロンとインドのガンジスからやってきた怪人サイダンプ。魔神提督が呼び寄せたこの強力な怪人たちが、仮面ライダーの前に立ちはだかる。あらゆる打撃技が通じない軟体を有する怪人クラゲロン。また、スカイキックさえもはね返すサイダンプを相手に、ライダーは苦戦する。

野村博士が誤って作り出してしまった殺人音波機械。ネオショッカーの怪人オオカミジンは、この機械を体にセットして、殺人音波の叫びを武器とする。オオカミジンはさらに拡声器を用いて、徹底的に仮面ライダーを痛めつける…。

南米から日本にやってきたネオショッカー大幹部･魔神提督。魔神提督は、怪人シビレイジンの体内に秘められた百万ボルトの電流を発電所に流し出し、東京中のあらゆる電気器具を一瞬のうちにショートさせ、火を吹かせることで大火災を発生させようと企む…。

怪人ヤモリジンは、ゼネラルモンスターの変身した姿であった。ヤモリジンはブランカに潜入し、谷やみどりたちを人質にとり、仮面ライダーをおびき寄せる。ヤモリジンの恐るべき鞭をかわしながら脱出に成功する洋は、ライダーに変身し、大幹部に立ち向かう。

ゼネラルモンスターは、度重なる仮面ライダーによる破壊作戦の阻止により、ついに大首領から最後通牒を受ける。そのため、ゼネラルモンスターは、最強の怪人ゴキブリジンを出動させる。仮面ライダーはゴキブリジンに戦いを挑むが、必殺技･スカイキックをはね返されてしまう…。

ネオショッカーが創り出した新たな怪人アオカビジン。その体のカビはあらゆるものを溶かすことから、これを使って地盤を破壊し、東京中に大地震を引き起こそうと企んでいた。これを阻止せんと仮面ライダーが立ち向かうが、アオカビジンとの戦いでは、その体に触れることができない…。

富士急ハイランドで、洋は先輩の谷源次郎と再会する。だが、この富士急ハイランドの地下には、ネオショッカーの怪人ハエジゴクジンのアジトがあった。ハエジゴクジンは、その体液で生成される猛毒細菌ドクダーを風船に入れて日本中に飛ばす破壊計画を画策していた。

ネオショッカーの兵器開発に無理やり協力を課せられていた今井博士が開発したのは、プラスアルファ爆弾。その威力は、水爆にも匹敵するすさまじいものであった。怪人アリジゴクジンは、これで東京都民を皆殺しにしようと目論む。今井博士は、ネオショッカー基地から脱走し、瀕死の重傷を負いながらも洋にプラスアルファ爆弾のことを知らせる。

クリスマス･ムードに街が浮かれている頃、ネオショッカー怪人ナメクジンによる誘拐事件が相次いで発生する。これを知った洋は、アリコマンドに変装してナメクジンのアジトに潜入する。洋はここで初めて、ネオショッカー基地の全貌を目の当たりにするのであった。

水中から出現する不気味な手によって、少年スポーツ選手が次々とさらわれる。洋が捜索した結果、少年たちは地獄谷でネオショッカー怪人サンショウジンの指揮の下、特訓を課せられていた。サンショウジンは、少年たちを暗殺者部隊に仕立てようと目論んでいたのだった。

ネオショッカーの怪人カニンガージンは、関東地区の石油コンビナートを破壊し、火の海にする計画を企てていた。登校途中にこれを目撃してしまった少年･たくみは、カニンガージンに殺されそうになったところを、仮面ライダーによって救い出される。

著名なプロボクサーとプロレスラーが、相次いで誘拐される事件が起こる。そして、洋の師である空手の世界チャンピオン･三好良一が、次に襲われる。ネオショッカーの怪人コブランジンが、格闘技各界のチャンピオンを集め、史上最強の殺人軍団を結成するための計画だった…。

ネオショッカーの改造人間手術が失敗し、抹殺される直前に脱出した青年･進藤誠は、ネオショッカーが某銀行の頭取へ襲撃計画を企てていることを告げる。そしてその夜、予告通りに、頭取は怪人ムカデンジンに襲われ、誠と洋によって救い出されるのだが…。

ネオショッカー世界各国支部の幹部たちは、人間減らし計画の進行が最も遅れている日本支部のために、仮面ライダーを倒すべく強力な怪人カマキリジンを送り込む。カマキリジンは、サタンカマキリの卵を孵化させるため、13歳と7歳の兄弟を生贄にしようと企む。

看護婦である雪絵に化けたネオショッカー怪人キノコジンは、胞子を吹いて洋を襲う。その場に居合わせた足を病んだ少女･久美子は眼を傷つけられてしまう。全く身に覚えのない罪を着せられた雪絵は、悲しみに沈む。そんな中、キノコジンは、さらに洋に襲い掛かるが、洋はすでにネオショッカーの陰謀に気付いていた。

成田空港に着くはずのジャンボ旅客機が消息を絶つ。その旅客機には、人間改造学の権威である代田博士が乗っており、代田博士を狙うネオショッカーの仕業であった。怪人ドクバチジンは、さらに博士の娘である絵美を狙うが、その前にライダーが立ちはだかる。

ネオショッカーの大幹部であるゼネラルモンスターが、新たに創り出した怪人サソランジンは、かつて山で遭難した女性の美也の改造された姿であった…。そして、サソランジンは、ゼネラルモンスターによって遠隔操作される状況下にあった。

怪人コウモルジンの吹く不気味なコウモリ笛の音。それを耳にした子供たちは、コウモルジンに次々と連れ去られてしまう。その目的とは、ネオショッカーが小児の血液中に存在するRHBを採取し、これを原料として強力な毒ガスを製造しようと企んでいたのだった。

ネオショッカーの新たなる怪人クモンジンによって誘拐された真一は、仮面ライダーにその危機を救われる。だが、執拗なクモンジンは、別の作戦に切り替える。真一の弟である健二を人質にとり、ライダーと真一を呼び寄せるのであった…。

ハングライダー練習中の青年･筑波洋は、ネオショッカーに襲われていた志度博士を救う。そんな中、新たに出現したネオショッカーの怪人ガメレオジンが、再び志度博士を連れ去ろうしたため、これを追った洋は、瀕死の重傷を負ってしまう…。