【最終話】ネオショッカー大首領は、仮面ライダーに24時間以内に支配下に入ることを要求する。これを却下するならば、空気中の酸素を破壊する酸素爆弾を爆発させると声高らかに脅迫してくる。父を殺され、いままたドクロ暗殺隊によって母を殺された洋は、ネオショッカーを殲滅するべく、最後の戦いに臨む…。

魔神提督と仮面ライダーの宿命の対決は、ひとまずライダーに勝利の凱歌があがる。傷ついた魔神提督は、秘密アジトへと引きこもる。これを倒さんと潜入する洋であったが、洋がそこで見たものは、FX777のナンバーだった…。魔神提督こそが、自分の父親? 突然の事実に呆然とする洋だったが…。

城茂と共にネオショッカーのアジトに潜入した洋は、洋の父の友人である長沼博士と出会う。長沼博士の言によれば、洋の両親は生きているという。これを聞いた洋と茂は、アリコマンドドックに潜入し、洋、さらには洋の父の改造手術を指揮したと言われるドクターXの許を訪れるが…。

紅白の鉢巻きをつけた子供たちが、互いに憎みあい、戦うようになる。その鉢巻きとは、ネオショッカーの怪人リングベアが締めさせたもので、リングベアはこれを利用して子供たちに筑波洋を襲わせようとするが、失敗に終わる。次にリングベアは、子供たち人質にして洋を呼び寄せ、その目前で子供たち同士を戦わせる…。

ネオショッカーの怪人タガメラスは、少年たちを捕えては、アリコマンド少年隊員として育成していた。そんな中、三郎少年は、いじめっ子に勝ちたい一心で、少年隊に入隊する。タガメラスは、アリコマンド少年隊員にナオコとアキを殺すよう命じるが、その時、アジトを発見した洋が駆けつける。そして、タガメラスとライダーの水中戦が始まる。

ネオショッカーの怪人ザンヨウジューは、ロケットを建造し、筑波洋をその中に誘い込んで、宇宙の果てへと打ち上げてしまおうと企んでいた。ザンヨウジューは、アキを化石に変え、そして洋をロケットに誘き入れることに成功するが、ロケットの発射装置の電源が、アキの男友達の機転により切られていた。

突如、子供たちをいじめだす仮面ライダー。それはネオショッカーの新たな策略であった。実は、ミンダナオ島の軟体怪人ドロリンゴがライダーに変装し、子供たちにライダーは敵であるという観念を植え付けようとしていたのであった。さらにドロリンゴは少年･広介を誘拐して人質にし、洋にネオショッカーの一員になることを強要する。

仮面ライダーの能力を徹底的に研究し尽くした怪人アブンガー。アブンガーは、筑波洋のエネルギーを消費させた上で、最後にはスカイキックを繰り出させ、その全エネルギーを使い果たさせた時、次のエネルギーを充電するまでの0.5秒間の隙を狙い撃ちし、仮面ライダー倒す計画に出る。

鏡の中に出現する謎の老婆は、奇妙な呪文を唱え、鏡の中と現実の人間を次々と入れ替えていた。洋は老婆を尾行する中、老婆が洋館の古い姿見の中に入っていってしまう。古文書によれば、その鏡はベルサイユ宮殿にあったといわれる呪いの鏡であった。これを知った洋は、鏡の中に閉じ込められた人々を救うため、鏡の向こうへと飛び込む。

洋を呪詛する謎の美女、白川妙子。彼女は半年前に、怪人アブンガーによって殺されたはずであった。彼女が飼っていた白蛇が、妙子の姿を借り、蛇女となって妙子を殺した相手に復讐するため、姿を現したのであった。蛇女の誤解を解こうとする洋だったが、実はこれはネオショッカーの巧妙な罠だった。

ある女医の手によって、頭が良くなる薬と銘打つ注射を打たれた子供たちが、夢遊病者の如く深夜に外出するなどの異常行動を示すようになる。その女医の正体とは、ネオショッカー怪人ドロニャンゴーの変身した姿だった。ドロニャンゴーは、人間の意志を思い通りに操ることができる薬物を子供たちに注射していたのだ。

人間の耳を奪う怪人ミミンガーが出現する。魔神提督は千組の耳を集め、大首領に捧げようと目論んでいた。九百九十九組の耳を集めたミミンガーは、最後の千組目の耳として狙いをつけたのは、筑波洋の耳であった。ミミンガーが呼び寄せた平家の悪霊と戦う洋は、悪寒を覚え、かつて耳なし芳一がそうしたように、とある寺院で護符をつけて瞑想するが…。

死人博士がゾンビとして蘇らせた死体が、日本各地を席巻していた。ゾンビは、攻撃を受けてその体をバラバラにされても、すぐ再生できる能力を持っており、この不死身の戦闘員たちをもってして、仮面ライダーを襲撃しようと企む。倒しても倒しても生き返っては襲い来るゾンビ軍団に、なす術もないライダーは…。

シゲルたちが幽霊を見たというビル。その地下には、ネオショッカーの秘密基地があった。その秘密基地では、怪人クチユウレイの指揮下、殺人ガスを造り出していた。そのため、人間たちに目をくらますために、そのカムフラージュとして幽霊騒ぎを起こしていたのだ。これを察知した洋は、アジトに潜入するが、敵の罠に落ち、猛毒ガスの中に閉じ込められてしまう。

オカッパ法師のカッパ巻きから脱出した二号ライダーは、そのアジトへと潜入し、キレーダを無事救出する。だが、その前に立ち塞がる怪人ウニデーモン。一方、捕えられた洋は、海中の杭に縛り付けられ、徐々に潮が満ち始めていく。しかし洋は、この窮地から脱し、怪人たちを追う。

世界的なダンサーであるキレーダの持つ宝石を警護するために、一文字隼人が日本へやってくる。だがその宝石には、人間を鬼にかえてしまう恐ろしい力が宿っていた。ネオショッカーの怪人ウニデーモンは、キレーダを誘拐し宝石を手に入れ、女性を拉致し、次々と鬼へと変えていく。

月給百万円という謳い文句に乗せられて、次々と集まってきた若者たちは、ネオショッカーのドクターメデオの手によって脳改造手術を施され、次々とアリコマンドにされてしまっていた。これを知った洋は、変装してアジトに潜入するが、正体を見破られてしまう。

怪人キギンガーは、人間を樹に変えるだけでは飽き足らず、樹を電波によって自由に操れる研究を進めていた。スカイライダーは研究室に突撃を敢行し、二号ライダーとともに怪人ドラゴンキングを撃破する。だが狡猾なキギンガーは、樹にされた人間たちを操り、ライダーたちに攻撃を加える。

一文字隼人は、奇妙な種子を使って、人間を樹に変えてしまう謎の女を追って、アマゾンから日本へと帰国する。隼人の推測通り、その女はネオショッカーの怪人キギンガーであった。洋と隼人は、キギンガーのアジトがあると思しき百鬼村に向うが、既にそこはネオショッカーによって占拠されていた。

怪人マントコングに誘拐された南博士、亜矢子、そしてアキたちを救うためにネオショッカーアジトへと潜入する仮面ライダー。だが、魔神提督は、アジトを爆破して逃げ去る。そして、マントコングはスカイライダーとの、タコギャングはV3との壮絶な死闘を繰り広げる。

植物学者･南博士は植物を動物に変えるワクチンを開発する中、さらに動物を植物に変えるワクチンをも完成間近とさせていた。ネオショッカーの怪人マントコングは博士を誘拐し、動物を植物に変えるワクチンを完成させ、日本中の人間たちを植物に変えようと企む…。

ネオショッカーの怪人ドブネズゴンは、下水の毒を培養したネズラ毒を用いて人間の抹殺を目論んでいた。ドブネズゴンに誘拐されたアキオ少年の救出に向かう洋。だがドブネズゴンは、仮面ライダーを罠にかけ、身動きをとれなくしてしまう。勝ち誇るドブネズゴンは、ネズラ毒を散布しようとするが…。

怪人トリカブトロンの毒矢に当り、谷底へ転落する仮面ライダーは、神敬介によって救われる。一方、魔神提督は生贄として捧げる少年たちに苛酷な争いを強いさせる。怒り心頭の仮面ライダーは、Xライダーと共にネオショッカーの大神殿での儀式に突入する。

サハラ支部から仮面ライダーを倒すために呼び寄せられるネオショッカー最強の戦士･黄金ジャガー。一方、洋は神敬介と共に、大神殿が建設中の魔神峠へと向う。黄金ジャガーは、仮面ライダーに差しでの勝負を申し込むが、その背後には怪人トリカブトロンが卑劣にも狙っていた。

ブラジルから転校してきた少年･麻野夢太郎は、みんなから念力少年と呼ばれていた。というのも種々の超常現象を起こしてみせたからだが、その正体は、ネオショッカーの怪人でアマゾンの王子オオバクロンであった。オオバクロンはその長い鼻で子供たちの夢を食べ、さらには子供たちを自由に操ろうと目論んでいた。

博物館に展示されていたミイラは、なんと怪人ヒカラビーノであった。ネオショッカーは、子供たちにミイラの仮面を配る。だが、その仮面を被ると顔から取れなくなってしまうといった恐ろしいものだった。そんな中、アキの姿を見たヒカラビーノは、かつて結婚するはずだったエジプトの王女アラーカと思い込んでしまい、アキを連れ去る。

怪人グランバザーミーは、地下のマグマを噴出させて、日本を壊滅させる恐るべき計画を目論んでいた。8人ライダーは、グランバザーミーを倒すため、筑波洋の特訓を開始する。そして、パワーアップを図ったスカイライダーが、グランバザーミーとの戦いに挑む。

大エネルギーを発して、あらゆる物質を一瞬にして消滅させてしまう恐るべき兵器･バリチウム弾。怪人ヒルビランは、この兵器を使って、日本中を総攻撃しようと画策する。さらには、ネオショッカー怪人二世部隊も暗躍を始める。一方、結集する仮面ライダーたちは…。

ネオショッカーの怪人ドクガンバは、ドクガ砲に麟粉毒を装填させ、これを東京の中心部に発射すべく計画を開始する。仮面ライダーは、その基地への突入を敢行するが、鎖球を振り回して攻撃するドクガンバは、手強かった。そこに、助っ人としてXライダーとライダーマンが駆けつける。

ある日、洋は産気づいた妊婦を病院へ連れていくが、出産後にその母親は姿を消してしまう。そして、残されていた手紙には、やんごとなき事情のため、洋にその子を預かって欲しいと書かれていた。だがその子供とは、ネオショッカーの怪人ゾウガメロンの子供であった…。