【最終話】サンショウウオ獣人との戦いに勝利を収めたアマゾンは、獣人の流す血の跡をたどって、ガランダーのアジトへ潜入する。そこでアマゾンを待ち受けていたのは、ガランダーのゼロ大帝。そして、謎に包まれていた支配者、真のゼロ大帝がいた。

八丈島の海上で水爆の数十倍といわれるヘリウム爆弾の実験が行われるという暴挙があった。これに付随するように、東京にこのヘリウム爆弾が仕掛けられた。そして、この爆弾を巡って、アマゾンとサンショウウオ獣人の死闘が繰り広げられる。

古代インカ帝国、そこでは世界に二つとない恐怖の毒ガスを造り上げ、永き時を経て、保管され続けてきた。その毒ガスが、ガランダーの企みによって、いま日本に運び込まれようとしていた。刻々と迫る、東京全滅の日。走れ、アマゾン!

人か野獣か!? 次々に襲いかかる謎の人喰い人間の大群。その大群を操っていたのは、獣人イソギンチャクであった。そして、たった一人で獣人アジトへと向かったアマゾン。だが、そこで待ち受けていたものとは一体…。

ガランダーの新たな魔の手がアマゾンたちにのびる。ガランダーのキノコ獣人の猛毒が、アマゾンの味方となったモグラ獣人の命を奪おうとしていた。この振る舞いに、アマゾンの怒りが爆発する｡行け、アマゾン。走れ、ジャングラー!

不気味なフクロウ獣人の鳴き声が、無垢な子供たちを操り始める。その子供たちの向かった先には、夜の東京の地下を黙々と掘りつづける子供たちの奇怪な姿があった。これは、一体何の企みなのか? ガランダーの狙いとは、果たして?

ガランダー帝国が用意した次なる恐怖とは、ゼロ装置。この装置を使い、次々と大地震を発生させる。そして、平和な街の人々の悲鳴がこだまする。この振る舞いに、怒りに燃えるアマゾンの雄叫びが荒野に轟く。行け、アマゾン!

雪深い富士山の裾野に掘られた謎のトンネルの数々。何の目的のために掘られたトンネルなのか? 一方、その近辺では、次々と謎の蒸発事件が頻発していた。それは、ガランダー帝国の恐るべき計画に因るものだった。またもや東京が火の海に…。戦え、アマゾン!

新たなる悪の組織とは、ゼロ大帝の率いる悪の組織であり、その名をガランダー帝国と呼んだ。彼の指揮の下、黒いジューシャが暗躍を開始する。各地に魔の火の手が上がり、このままでは東京が火の海になってしまう…。急げ、アマゾン!

アマゾンはゲドンとの戦いに無事勝利を収める。だが、その影では、新たなる謎の悪の組織が密かに誕生していたのだった。黒いジューシャを手先に、巨大なる悪の計画を企むものは、果たして何者か? その目的とは一体!?

ゲドンの十面鬼との戦いに勝利し、十面鬼を地獄の底へと叩き落したアマゾン。そんなアマゾンの勝利する姿を、遠目から見つめる不気味な影があった。その正体とは、闇に笑う新たな敵、ゼロ大帝。そして、彼が率いるガランダー帝国とは一体!?

突如、空からの十面鬼の襲撃に、恐怖のどん底に叩き込まれる平和な街の住人たち。この無法に対して、怒り震えるアマゾン。そして、そんなアマゾンの行く手をさえぎる謎の女･ミリが出現する。アマゾンの雄叫びが荒野にこだまする。

お正月の平和な街に、突如銃声が鳴り轟く。その騒ぎとは、ゲドンがパトカーを襲い、連行中の殺人犯を誘拐し、自らのアジトへ送り込んだものだった。改造された殺人犯は、凶悪な獣人トゲアリとなり、アマゾンを狙う。アマゾン、どう闘う?

マサヒコは、不思議な金色のカタツムリを見つけるが、それをガキ大将が奪い取ってしまう。だが、そのカタツムリの正体は、ゲドンの恐ろしい獣人カタツムリだった。マサヒコに危機が迫る! 立ち上がれ、我らがアマゾン!

闇に光る不気味な瞳…。それは血に飢えたゲドンの魔手だった。そして、平和な保育園の園児たちが襲われる。そのゲドンのやり方に、怒りに燃えるアマゾン。だが、待ち受けていたのは、黒ネコ獣人。その毒爪がアマゾンの身体に食い込む…。アマゾンの命が危ない!

次々と起こる謎の少女蒸発事件。その裏には、ゲドンの影があった。その事件を解決すべく、ロープを手に、ゲドンを追ってビルの谷間を舞うアマゾン。だが、カニ獣人の鋭い歯が、今にもアマゾンのロープを切ろうとしていた…。

ゲドンが、マサヒコの学校を急襲する。そこには、恐ろしきワニ獣人が現われ、用務員のおじさんを食べてしまい、また子供たちをさらってしまう。そこに助けに駆けつけたアマゾンは、逆に犯人として間違えられ、囚われの身になってしまう。危うしアマゾン!

ゲドンは、マサヒコと友だちのひろみを人質にとって、アマゾンを誘き出し、捕えようとする。そんな企みとは知らず、マサヒコたちの救出に向かうアマゾン。だが、そんなアマゾンの前に立ちはだかったのは、人食い大蛇だった。

アマゾンは、傷つき倒れたモグラ獣人を助ける。だが、そんなアマゾンの優しさに、情けなんかいるかとヤセ我慢するモグラ獣人。そこへ出現する針の弾丸･ヤマアラシ。インカ縄文字の謎を巡って、アマゾンとの新たな戦いが繰り広げられる。

アマゾンが不審者として警察に逮捕されてしまう中、これを聞きつけた立花藤兵衛は、急ぎ警察に駆けつける。そんな中、アマゾンを抹殺するべく、暗い土の底から不気味なゲドンの刺客が送り込まれる。その名は、モグラ獣人!

ガガの腕輪とギギの腕輪の秘密。山村という人物に会えば、きっとその謎が解き明かせる。アマゾンの心は躍る。倉庫、工場、そしてビルからビルへとアマゾンは駆ける! やっと山村に邂逅できたアマゾンを待ち受けていたものとは一体!?

野生児･アマゾンにとって、彼の目に映る日本の光景は何もかもが新しかった…。ものすごいスピードで走るオートバイ、それは恐怖であり、危険の象徴でもある。だが、藤兵衛とマサヒコの温かい友情で、アマゾンの心は安らいでいくのだった｡

アマゾン、貴様を殺す! と書き付けられたゲドン一味の血のメッセージが届く。先兵は吸血コウモリ獣人。その暗い闇の中からの襲撃。そしてついに、罪の無い人々までもが犠牲となった。遂にアマゾンは怒り、そして叫ぶ!

突如、日本に現れた野生の青年･アマゾンは、彼を狙う悪の使者･十面鬼、そして獣人たちに対し、古代インカ帝国に伝わる秘密のエネルギーを秘めたギギの腕輪で、日本の平和を守るため、仮面ライダーアマゾンに変身して、戦いを挑む!