幼稚園児の送迎バスや小学生の送迎バスが、次々とトンネルの中で行方不明となっていた。その事件の背景には、闇に笑う一つ目怪人･キプロスの影があった。その謎を突き止めようと奔走する仮面ライダーXを、殺人レーザー光線が襲う…。

アルファガス…。それは恐ろしい毒を持っており、それを使うことによって、人間を発狂死させると言われていた。それに目を付けたGOD秘密機関は、その研究データを手に入れるため、細菌生物学者たちの誘拐を画策するのであった。

アダブ王国の石油大使の暗殺計画に乗り出すGOD秘密機関は、怪力改造人間ヘラクレスをその任務にあてる。一方、その暗殺計画を推し進めるGODの動きをつかんだ神敬介は、急遽羽田国際空港へと向かうのであったが…。

ある日、団地の住人たちが突如、殺人鬼と化してしまう。見境なく凶器を振り回し、殺し合いを始める住人たち。そして、凄惨な現場に流れる不気味な笛の音があった。果たして、その笛の音の正体とは一体!? これは、GODのつくり出したテーマソングなのか?

日本消滅を掲げる謎の組織･GODの手によって瀕死の重傷を負わされた大学生･神敬介は、父である海洋科学者･神啓太郎博士が命と引き換えに行った改造人間手術により、深海開発用改造人間 (カイゾーグ) として蘇る。神敬介は父の命を奪い、日本殲滅を企むGODに仮面ライダーXとして敢然と立ち向かう。