【最終話】遂にGODは南原博士のRS装置の設計図すべてを手に入れ、RS装置を完成させてしまう。仮面ライダーXは、命に代えてもその装置を破壊しようと決死の戦いを挑む。だが、GODの攻撃が激しさを増していく中、いよいよ大巨人キングダークが、動き始める…。

GODの罠にはまった神敬介は、捕われの身となってしまい、空中高くに吊るされてしまう。そして、GODは、敬介の引き換えとして、RS装置の残りの設計図を要求して来る。この要求に対して、藤兵衛たちの心は揺らぐのだが…。

ヤン博士の娘を偶然助け、その面倒を藤兵衛に託す敬介。だが、その少女の正体とは、怪人ムカデヨウキヒであった。人質に取られた藤兵衛たちを救うべく、GODアジトを急襲する仮面ライダーX。そこに、仮面ライダー2号と仮面ライダーV3も戦いに加わる。

那須高原にいる神敬介に残りの設計図を手渡そうとする一人の女がいた。その女を襲う怪人アリカポネ。そして、首尾よく設計図を奪い取ったアリカポネであったが、その前に仮面ライダーXが立ちはだかる。そして、那須山頂で仮面ライダーXの真空地獄車が炸裂する!

残されたRS装置の設計図を奪おうと画策するトカゲバイキングは、那須高原の牧場に住む幼い少女を狙っていた。だが、その前に敢然と立ちふさがる仮面ライダーX。那須高原でのGODと仮面ライダーXの設計図争奪戦が新たに始まる。

人間の生き血を吸うヒルの群れ。そして、そのヒルの群れを操る謎の老婆が出現する。その老婆の正体とは、ヒル怪人であった。いつもとは勝手が違う戦いに苦戦する仮面ライダーXは、底なし沼に落とされ、そこに血吸いヒルの恐怖が迫る!

謎のRS装置の設計図を巡って、キングダークと仮面ライダーXのしのぎを削る争奪戦が繰り広げられていた。そんな中、若いバレリーナのペンダントに、その設計図の１枚が隠されていることを知ったGODは、そのペンダントを狙い…。

クモナポレオンとの戦いにおいて、仮面ライダーXは、すべてのエネルギーを奪い尽くされてしまう。倒れた仮面ライダーXを救ったのは、仮面ライダーV3の風見志郎だった。志郎は、仮面ライダーXにマーキュリーパワーをセットすることで、仮面ライダーXをパワーアップさせることに成功する。

仮面ライダー1号、仮面ライダー2号、仮面ライダーV3、ライダーマン、そして仮面ライダーXといった5人の仮面ライダーたちが共に結集する。そして、ショッカー、ゲルショッカー、デストロンといった怪人軍団と壮絶な死闘を繰り広げる!

設計図の一部を持ったとある科学者夫婦が、GODの悪人軍団のヒトデヒットラーに捕えられてしまう。そして、捕まった二人は、ひどい拷問の末、博士たちの偽物であることが発覚してしまう。一方、藤兵衛と共に海岸のホテルに身を寄せる本物の夫妻であったが、そこにヒトデヒットラーの魔の手が迫る…。

3枚目の設計図に特殊光線をかけて、ある博士が2人の少年の背中に、その3枚目の設計図を焼き付ける。それを知ったGODの悪人軍団の一人、カブト虫ルパンは、2人の少年を次々とさらい、設計図の在りかを吐かせようとするが…。

10枚をバラバラにして隠しておいたRS装置の2枚目の設計図がなくなっていた。その事を嗅ぎつけたGOD悪人軍団の一人、サソリジェロニモは、設計図を持ってハイキングに出かけた少年から設計図を奪い取るべく、暗躍する。

GODの科学開発局で、恐ろしい武器の設計図が生み出され、それが使用されることに危惧するある科学者が隠蔽を図る。だが、その事実をつかんだキングダークは、大泥棒の頭脳を持つ怪人ガマゴエモンに命じて、その科学者の正体を突き止めようとする。

仮面ライダーXの力によって、アポロガイストは宮殿と共に滅び去った。だが、その裏では、新たな恐ろしい計画が秘かに進められていた。その計画を推し進める首領の名とは、“キングダーク”。果たして、キングダークとは一体何者なのか!?

GOD秘密機関は、これまでに倒された怪人たちを次々と蘇らせ、仮面ライダーXに総攻撃を仕掛けさせる。そして、その指揮を執るのは、GODの第一室長アポロガイストであった。この凄まじい総攻撃に、敢然と立ち向かう仮面ライダーXであったが、とてつもない危機が迫っていた。

突如、世にも恐ろしいヘビ人間が現われる。その原因は、GODの怪人サラマンドラが、人体実験で造り出したことによるものものだった。そして、毒蛇を操るサラマンドラが、仮面ライダーXを蛇屋敷へとおびき出そうとしていた…。

突如巻き起こった幽霊騒ぎ。この騒ぎによって、東京都に住む住人たちは、恐怖のどん底へと陥れられる。GODの怪人オカルトスが、その幽霊騒ぎの張本人であった。その真相を突き止めるべく、藤兵衛たちは幽霊館に潜入するが、そこでは黒い罠が待ち受けていた。

正体不明のビールスを保菌する1匹の黒猫。そして、その黒猫は都内各所に出没して、そのビールスを撒き散らす。そして、そのビールスに感染してしまった人間は、猫人間となってしまうのであった…。黒猫に気をつけろ! それはGODの回し者だ。

静かな森の中で、そこを吹き抜ける風の音に混じるようにして、苦しみや悲しみを訴える人々のうめき声が入り混じって、聞こえてくるのであった。何故ならGODの怪人アルセイデスが、人間を木に変えてしまう恐ろしい実験を開始したからであった。

アポロンの宮殿に潜入した仮面ライダーX。だが、そこで待ち受けていたのは、死んだはずのアポロガイストであった。一方、GODの怪人ケルベロスが画策するファイヤー作戦によって、立花藤兵衛はそのターゲットとして狙われていた。

謎の怪しげな男に狙われる2人の女子大生は、死神クロノスの手にかかろうとしていたところを、神敬介に助け出される。そして、敬介は死神クロノスが戦いの際に言い残したGODの要塞アポロンの宮殿へと潜入するのであった…。

2000年前に死滅したと言われている“狂い虫”を蘇らせたGODは、その狂い虫を使って、日本中の人々を狂わせようとする作戦に着手する。そんな中、仮面ライダーXは、アポロガイストの挑戦を受け、壮烈な戦いが始める…。

謎の予言者であるゴッドラダムスが、東京が全滅してしまうであろう予言を託宣する。そして、その予言どおりに東京中が、GODの殺人スモッグによって大混乱を生じる中、人々が次々と狂死する。その真っ只中、ゴッドラダムスを追うライダーXが垣間見たゴッドラムダスの正体とは一体!?

スプーンを曲げたり、箱の中身を言い当てられるといった超能力を持つ不思議な少女が、GODの怪人キマイラにさらわれてしまう。そして、その少女を救わんとするライダーXは、まんまとキマイラが仕組んだ罠に嵌められてしまう…。

街中のお金が消えてなくなっていた。そして、薄気味の悪いトカゲがお金を奪い、人間を殺していくのであった。そんな不気味なトカゲを操っていたのは、GODの水蛇怪人ヒュドラーであった。さらには、社会的混乱巻き起こそうと企むヒュドラーは、ライダーXに襲い掛かる…。

数百人にものぼる村人たちが、突如姿を消してしまう。そんな中、敬介の前に現われる記憶喪失の謎の娘･ミキ。そして、マシンガンの銃弾が敬介の頭上をかすめる。そこには、青年アポロガイストの勇姿があるのだった…。

GODとの戦いに勝利するため、敬介は必殺技を生み出すための猛特訓に入る。そして、必殺技を生み出すためのトレーニングは厳しく、そしてつらいものだった。だが、立花藤兵衛のアドバイスをもとに、着々と必殺技は完成の域へと近づいていった。

新エネルギー資源の開拓に従事する調査団。その新エネルギー資源の横取りを狙うGODは、怪人アトラスに調査団の妨害工作を命じる。その調査団の警備に敬介がいた。そんな中、GODとの戦いで敬介を助けた涼子と霧子の謎とは一体!?

天才の才能を持つ人間の能力を研究し続ける大門寺博士。そんな中、その研究に協力する子供たちが、次々と謎の死を遂げてしまう。さらには、GODの怪人イカルスが、大門寺博士とその娘･冬子を執拗につけ狙うのであった。

原因不明のバス転落事故が発生する。そして、その事故で両親を失った少女･サチコは、悲しみに打ちひしがれていた。そんなサチコのことを思い、原因追及に乗り出しす神敬介であったが、そんな中、サチコが何者かにさらわれてしまう。