【最終話】エンペラ星人の光線を受け、ついにメビウスは消滅した。絶望するGUYSクルーに、ウルトラ兄弟の声が届く。彼らはエンペラ星人によって暗黒と化した太陽を復活させるべく、力を尽くしていたのだ。GUYS5人とミライの心がひとつになった時、不死鳥の勇者が誕生した!

インぺライザーの大軍団の攻撃で壊滅寸前のフェニックスネスト。戦い続け傷ついたメビウスとヒカリには、もはや戦う力は残っていない。絶体絶命の危機を、これまで出会ってきた宇宙人のライバル、そして友達が救う。怒るエンペラ星人はついにその姿を現し、空を暗雲に包んだ!

突如、インぺライザーの大軍団が襲来。激闘の連続でミライは倒れてしまう。その時エンペラ星人の声が世界に響き、潜伏しているウルトラマンメビウスを差し出すことを要求した。ミライの身柄引き渡しを要求する政府に、サコミズ隊長は遂に自分の正体を告白する!

ミライが不気味な夢から覚めると、世界はメビウスとメフィラス星人の存在が逆転していた。全人類から侵略者と呼ばれたミライは、真実を思い出させようと必死で説得するが、GUYSはメビウスを攻撃する! その時、宿敵･メフィラス星人の謀略にウルトラマンが立ちあがった!

デスレムを倒しGUYSの隊員たちが戻ったが、暗黒四天王の1人グローザムによってメビウスが凍結されてしまった! GUYSは救出作戦を決行するも、既にチームは満身創痍だ。氷漬けのメビウスを目にし絶望するコノミの前に、モロボシ･ダン=ウルトラセブンが姿を現した!

GUYS全員を人質にしたというデスレムのメッセージを託され、一人地球に解放されたジョージ。暴れるデスレムを前に戦うことのできないメビウス。理由を知った市民は、戦わぬメビウスと、生きて人質になったGUYSを非難する。その時、ウルトラマンジャックが帰ってきた!

崩壊した世界にミライたちを閉じ込め、人間に失望させようと姑息な作戦を遂行するヤプール。その頃、隊員たちが乗るフェニックスネストは月面でルナチクスに襲われ、危機に陥っていた。その時マリナが不思議な声を聞いた。声の主は…ウルトラマンエース･北斗星司!

怪獣を呼び寄せる時空波の発信源が判明したという情報が入った。連絡の取れないミライを残してGUYSはフェニックスネストで発進する。その頃ミライはヤプールが生み出したメビウスキラーの挑戦を受けていた。自分とまったく同じ力を持つ敵にどう立ち向かう?

多々良島にレッドキングが出現。メビウスに倒された直後、ゴモラへと姿を変え復活する! その頃、突然GUYS総本部からタケナカ最高総議長がやってきた。サコミズ隊長と密室で語らう2人。そこで驚くべき事実が語られる。それはサコミズ隊長とゾフィーとの出会いであった!

ウルトラマン80=矢的猛は、かつて中学校で教師をしながら、地球の平和を守っていた。その当時の生徒たちが統廃合される母校で同窓会を計画していることをミライは知る。彼は80にこの事を伝えるが、別れも告げずに学校を去った80は、教え子に再会する事をためらっていた。

ある日、ミライは孤独な女子高生ナオコと出会う。一人になりたくないために意地悪な友達でも一緒にいるナオコを見て、ミライは人間の寂しさへの恐怖を思う。その頃、人間の寂しい心に付け入る怪獣ソリチュラが地球に侵入。美しい青年に化けた植物怪人が、ナオコに接近する!

GUYSの基地フェニックスネストの食堂で働く日ノ出サユリは、交通事故で命を落とす。子供達に未練があったサユリは、病室に現れたサーペント星人との同化の申し出を承諾し、甦る。しかしサーペント星人の狙いは、地球侵略の為の潜入だったのだ!

凄まじい飛行能力をもつアリゲラが地球に侵入した。苦戦するGUYSとメビウスを救ったのは、GUYSオーシャンのエリート、勇魚 (イサナ)。GUYSジャパンは共同戦線をはってアリゲラに挑む。果たして、驚異のスピードをもつアリゲラを捕らえることができるのか!?

今日は「ウルトラの父降臨祭」。何度か地球で奇跡を起こしたウルトラの父を称える日だ。GUYSもパーティーを開くことになり、これにミライもウルトラマンとして大喜び。そこに怪獣ジャシュラインが現れる。迎え撃つメビウスだったが、何と体を黄金像に変えられてしまった!

ミライの妹を名乗る少女のカコは、超能力でいたずらを繰り返している宇宙を放浪するサイコキノ星人だった。歓迎するGUYSクルーだったが、宇宙人を怖れたトリヤマ補佐官は彼女を捕らえようとする。怒ったカコは、怪獣アングロスを暴れさせた!

突然ハンターナイトツルギが現れ、街を破壊した。人々は青いウルトラマンを敵だと思い始める。GUYSは帰ってきたセリザワを拘束するが、全てはババルウ星人の陰謀だった。ウルトラマンヒカリはババルウ星人を倒し、青いウルトラマンとして人々の信頼を得る事ができるのか?

メビウスは、リフレクト星人に光線技が効かず敗れてしまう。そんなメビウスを呼び出したのは、ウルトラマンレオだった。レオは、星人に勝てなければ今後メビウスには地球を託せないと宣告する。特訓を力に変えたレオの過去の戦いに学び、ミライは一人修行に励む。

テッペイが一目ぼれしたミサという少女は、怪獣フェミゴンに取り憑かれていた。時々パニックを起こし、その度に周囲に炎が上がるという。フェミゴンを倒せばミサも死んでしまうかもしれない。ミサを助けたいテッペイは、フェミゴンに光線を撃とうとしたミライと対立する。

地球に現れたメイツ星人は、地球人と友好を結びにやって来たという。怪獣を連れてきたのはメビウスの攻撃に備えてのことだと。そして彼は、30年前に地球を訪れた罪も無いメイツ星人が、宇宙人であるという理由だけで人間に殺されてしまった事件について語り始めた。

GUYSスペーシーの防衛ラインが突破され、世界中にUFOが出現した。やがて飛来した新種の円盤生物が、メビウス抹殺指令の存在を仄めかす。仲間との絆の力でバーニングブレイブの姿に覚醒したメビウスだったが、しかしまだその力の出し方を完全に理解してはいなかった…。

駆けつけたウルトラマンタロウがインぺライザーを退け、負傷したメビウス=ミライは姿を消す。しかし再生したインぺライザーには、タロウ禁断の技･ウルトラダイナマイトをも通用せず、絶体絶命! GUYSに全てを明かしたミライは、命を賭けて、仲間の目前で変身する!

地球に大きな危機が迫り、若きメビウスに光の国への帰還命令が出る。苦悩しながらも仲間たち一人一人に別れを告げるミライ。その時、恐るべき強敵インぺライザーが現れた! なす術の無いGUYS。仲間と地球を守るため、ミライはリュウの眼前で変身した!

基地に「赤い幽霊」出没の噂が渦巻いていたある日。コノミは子供の頃に勇気を与えてくれたスザキという青年に再会する。思い出の彼とのデートを楽しむコノミ。しかしスザキは、ゴシップ記者と共謀し、コノミを利用するつもりだったのだ!

ヤプールの復活に備え、新しいマケット怪獣を選抜し、その増強を図る実験が始まった。仮想空間で展開される、データによる怪獣たちの戦い。しかし最強の怪獣ゼットンが暴走し、基地に危険が迫る。ミライは危険を承知で体をデータ化し、メビウスとなってゼットンに戦いを挑む!

フジサワ博士は半永久的に超獣の侵入を阻止できる新型メテオールを開発するが、それはGUYSの基地･フェニックスネストのフライトモード時でないと扱えないものだった。そこへ超獣ベロクロンが急襲! フライトモードの運用指揮権を持つサコミズ隊長が重傷を負ってしまう。

異次元物理学の権威フジサワ博士が来日した。超獣ドラゴリーを操るヤプールはフジサワ博士を密かに支配し、水につけると大爆発するというメテオールカートリッジで基地の爆破をたくらむ。博士に一目ぼれしたジョージは、この危機を救うべく…。

GUYS市民感謝デーの最中に、ミライはかつてウルトラマンエースが戦った強敵ヤプールからの挑戦を受ける。ヤプールはリュウに取り憑き、姑息な手段で仲間からミライを孤立させていく。ついにリュウを撃たなければヤプールを倒せない状況に追い込まれたミライの取った選択とは…!?

マリナは警察の依頼で、海鳴りの音と共に起きるという集団失踪事件の捜査に協力する。現れた刑事･桐李に不思議な懐かしさを感じながら共に行動するマリナ。やがて海鳴りの音と共に、マリナは7年前の過去の世界へと引き込まれ、子供の頃の自分自身と遭遇する…。

アランダスの船長の息子･ヒロトこそ、ミライが人間体のモデルにした人物だった。息子と同じ姿のミライに会い、バン船長の脳裏にあの日の惨劇が甦る。宇宙に散ったヒロトとメビウスはなぜ出会ったのか? そしてメビウスが「ヒビノ･ミライ」と名乗ることになったいきさつとは?

宇宙船アランダスからの救難信号をキャッチしたGUYSは、未知の空間ウルトラゾーンへ調査に向かう。そこで彼らが見たものは、アランダスの残骸と、宇宙に眠る追放された怪獣たちの墓場だった! ミライはそこで、誰も知らないはずのアランダスが辿った運命を語り始めた…。