メガヘラクレスの捜索が続く中、傭兵･ゴルゴダルがビーファイターに襲いかかる。激闘の中、突然、重甲を解く舞。怪人だって心はあるという舞の心に打たれ、ゴルゴダルも戦闘を放棄する。だが、ガオームは残酷な決断を下した……。

別れの言葉を残して麗は旅立った。意気消沈するアースアカデミアに、新装備バルセイバーとともに現れた少女･鷹取舞。ビーファイターが再び三人揃ったとき、バルセイバーが真の力を発揮する。そして、舞の初めての戦いが、いま幕を開けた。

ブラックビートに対抗するため、新兵器開発が急ピッチで進んでいた。一方、ガオームはブラックビートとギガロとの共同戦線を命じる。そして、合成獣･カマザキラー量産計画の猛威が大作と麗を襲う。二人を残し、拓也はひとり決闘へ。昆虫対昆虫の激闘が……。

最強･最悪、暗黒の戦士･ブラックビートはその圧倒的な力をもって、彼はジャマールの新幹部として収まった。ブラックビートはビーファイターを抹殺するため、新たな作戦を発動させる。ブルービートとブラックビート、二人のうち激戦を制するのは?

虫には虫。不気味な言葉を残し、ガオームはジャマール軍団最強の魔導師･ジャグールを呼び寄せる。世界中で異常を起こすカミキリムシたち。調査に向かうビーファイターに襲いかかる、ジャマールの陰謀。ジャグールの呪術がいま、頂点に達する。

切り札の合体怪人･デスマルトも破れたジャマールは、最終手段として三幹部をビーファイターに差し向けた。砂塵吹きすさぶ荒野に、三戦士対三幹部の戦いが始まる。そのとき突如ガオームがビーファイターの前に出現。その超パワーで三人を翻弄する。

ついにジャマールは、三幹部の持てる力をひとつに結集させた合体怪人･デスマルトをつくり出した。傭兵の戦闘力、合成獣の攻撃力、戦闘メカの破壊力の全て駆使し、ビーファイターを圧倒的に追い詰め、ビーファイターは一敗地に塗れる。あらゆる技が通用しない最強の怪人、デスマルトの猛攻が続く。

幻を使ってビーファイターを苦しめる傭兵･イルバ。同士討ちを繰り返すビーファイターの前にひとりの少女が現れ、幻を打ち破った。少女･ミナは、かつてジャマールに滅ぼされたボタニア次元の生き残りだったのだ。自分の能力を脅かすミナに、イルバは……。

合成獣･ブーブーブーの鼻息を浴びると、豚声しか出せなくなってしまう。声を奪われた人々で街は大パニック。そんな中、アイドル･矢野かおるまでが豚の声に。歌えなくなったかおるはマスコミに追われ、青年･守と出会う。二人は撃墜されたジャマール戦闘機を修理して、遠い国へ旅立とうとするが……。

拓也が少女にプレゼントしたオルゴール。その音色は地獄への入り口だった。ジャマールの作り出した迷宮･ジャビリンス。ついに三幹部が自らビーファイター抹殺に立ち上がったのだ。拓也、大作、麗に次々と襲いかかる不思議な罠。三人はこの魔の迷宮から脱出することが出来るのか。

ジャマールはついに重甲基地にターゲットを絞った。一人ぼっちの少年の心を利用して迫る、戦闘メカ･ガガミラー。巧みな策略によって危機にさらされるビートマシン。大作、麗の悲痛な叫びがこだまする。そして、拓也はいま……。

重甲基地の真面目男･本田主任が、ある日突然、なまけものになってしまった。彼なしではビートマシンは発進できない。それは合成獣ナマケルゲの仕業だった。街中の人々のやる気が吸い取られる。拓也と大作までもがなまけものに……。

怒ると爆発する、歩く爆弾･イカリボンバが現れた。怒らせると街が吹っ飛んでしまう。大パニックの街は、ついにジャマールシティに。市長も、警察も、そしてなんと大作までもがイカリボンバの言いなりになってしまう。ビーファイターは街を守ることができるのか。

インセクトアーマーを超える、最強のドラゴンアーマーを身につけ、ビーファイターに挑戦するジェラの片腕･バーラ。ジェラとバーラ、ジャマール最強コンビの前に、ビーファイターは……。無敵のドラゴンアーマーを前に、インセクトアーマーは勝つことができるのか。

究極の合成獣･ガリネーズが街を襲う。駆けつけたビーファイターも全く歯が立たない。だが、ガリネーズには意外な弱点があった。そして、ひとりの青年の心の支えであった猫がジャマールにさらわれ、街中の猫も姿を消してしまう。ジャマールの狙いとは……。

ある採掘場から出た、謎の宝石。それはどんな願いも叶えてくれる不思議な魔法石だった。しかしそれはジャマールの傭兵･バルダスの落し物。その恐ろしい魔法石で、ブルービートは重傷を負ってしまう。しかし、ある少年がその魔法石に願いを込めると……。

ジャマールの魔の手により、子供たちが次々に消えてしまった。戦闘メカ･ガメリオが映す写真の秘密とは……。ビーファイターが出動するが、ジャマールは次のターゲットを麗に絞っていた。そして、麗が消えてしまう。

ジャマールの次なる刺客、それは傭兵軍団最強の戦士･ザイキングだった。ザイキングはエネルギー鉱石をめぐり、木を倒し森を炎で包む。ジャマールに森を殺させはしないと、大作の怒りが爆発。ジースタッグ必殺のレイジング･スラッシュが炸裂する!

ビーファイターの次なる相手は、合成獣･バグマビルス。ジャマールの恐るべき作戦で、インセクトアーマーが暴走を始めた。そして、拓也は重甲不能になってしまう。果たして拓也はインセクトアーマーを信じ、ビートマシンの新装備を見せることができるのか。

ビーファイターとビートマシンに、ジャマールのダブルプロジェクトが迫っていた。ジャマールウェーブがビーファイターを封じ込め、ビートマシンもついに発進不能に。そこへとどめの一撃が迫る。

未知なるパワーを秘めた、恐るべきジャマール。追い詰められたビーファイターが地獄で見たものは、次々と現れる戦闘メカ軍団が繰り広げる卑劣な罠だった。絶体絶命、孤立無援のビーファイターに、果たして援軍はあるのか。

侵略者･ジャマールが仕組んだ恐怖の人間改造計画。洗脳されていく人々を前に、なす術もないビーファイター。地球侵略へのタイムリミットが迫る。ビーファイター決死の潜入作戦は、ジャマールの前線基地を壊滅させることができるのか?

世界各地で昆虫が大量発生し、異常行動をとるようになっていた。地球に訪れる危機を察知して警戒態勢に入っていたのだ。甲斐拓也たちは向井博士の開発したインセクトアーマーを装着し、ビーファイターとして異次元からの侵略者･ジャマールに立ち向かう。