【最終話】ビルゴルディとクイーンを蘇らせたのは、あのジャグールだった。ジャグールは舞とサラをさらって、一体何を企んでいるのか? ビーファイターとブルースワット、ジャンパーソンが力をあわせ、地球の平和のため、未来の平和のために立ち向かう。

ついにジャマールを倒し、平和を謳歌していたビーファイターたちの前にブルースワットが現れる。さらに、ジャンパーソンとガンギブソンまでも。一体、何が始まるのか?

ジャマールホールが暴走し、危機迫る地球に嵐が吹き荒れる。永遠の命、セントパピリアの見守る中、光と影の宿命の対決。拓也対シャドー、重甲対邪甲、青い正義と黒い怨念の決着。いま、長い戦いの幕が下りる!

ジャマールホールが完成し、地球を未曾有の危機が襲う。ガオームの命を狙い、単身要塞に乗り込むジェラ。その助けを得て、ついにビーファイターが最後の戦いに挑む。いまこそ決戦のとき。戦えビーファイター、地球のすべての生きとし生けるもののために。

自らの寿命の限界を感じ、焦るガオームは傭兵･ヒドラを呼び寄せた。そのターゲットはなんと、昆虫界の長老･老師グル。全世界の昆虫パワーが危ない。駆けつけたビーファイターにヒドラの炎が襲いかかる。さらにその炎は、裏切者ジェラにも向けられた。

ギガロの生命エネルギーを吸収し、一段と加速するジャマールホール。しかしガオームの意に反し、何者かが人々を襲う。その正体は、なんとシュヴァルツ。シュヴァルツの首が生きていたのだ。舞までもが捕まってしまう。重甲する、ビーファイターの見たものは。

着々と完成へと進むジャマールホールの恐怖。大作と舞が重甲できない中、最後の頼みは拓也だけだった。さらに激しさを増す、ギガロとシュヴァルツの攻撃。絶望へのカウントダウンが始まった。いまこそ蘇れ、甲斐拓也、ブルービート!

究極の最終作戦･ジャマールホール。地球を丸ごと飲み込むという恐ろしい計画がいま発動される。卓也がいないビーファイターを改造ギガロが追い詰め、シュヴァルツの秘密兵器がとどめを刺す。昆虫パワーを奪われ、重甲できない大作、舞。そして、失意の中、さまよう拓也。そして、地球の運命は……。

ひとり、戦線を離脱した拓也。そして、クリスマスの街で捜索を続ける大作たち。絶望の中をさまよう拓也は、このままブラックビートとの宿命から逃げてしまうのか。そんなとき、拓也はひとりの少女と出会った。

光と影の謎がすべて明かされ、本当の戦いが幕開いた。終わりなき死闘の最中、ガオームの真の目的が明らかになる。絶体絶命の地球に訪れる、まばゆい閃光。そして、伝説の超生命体･セントパピリアが姿を現した。

異常気象により、雪と氷に閉ざされる街。ジャマールの氷河期作戦が地球を襲った。このままでは地球は壊滅してしまう。急げ、重甲せよ、ビーファイター。だが、ブラックビートがその前に立ちはだかる、光と影の宿命とは……。いま、謎の正体が明らかに。

ギガロの哀しき過去が蘇り、その恨みが生み出した合成獣･ギガツキノワがビーファイターをつけ狙う。ユミちゃんを人質に取られ、重甲できないビーファイター。大作が、拓也が、次々と人間狩りの犠牲に。そして、一人残された舞が絶体絶命のピンチに……。

永遠の命、セントパピリアを追い求めて、ジャマールが動き出した。そんなとき、突然ビーファイターの前に現れるマッチョNO.5。なんとシュヴァルツの兄貴らしい。機械こそ究極の生命体。そう信じるシュヴァルツ兄弟に、いま奇跡が起こる。

ジェラの目の前を横切る光。それはかつてジャマールに滅ぼされたゲルマ次元の生き残り、マッスルだった。マッスルの追い求めるセントパピリアとは一体何か。グルが、ビーファイターが、そしてガオームまでもがその謎に迫る。ついに、物語はクライマックスへ。

ジャマールはかつて恐るべきパワーを誇った火炎獣･ファイガを若返らせ、地球を焼き尽くそうという作戦を立てていた。ところがその若返りのエネルギーを浴びて、なんと拓也が子供になってしまう。そんな拓也の前に現れた少年･リン。自称･ジャマール撃滅団リーダーのリンと、少年･拓也の大冒険が始まった。

恐るべき能力を持った食虫植物の合成獣･ラズベルガに襲われるビーファイター。そんなとき、向井博士のかつての恋人･サユリがジャマールにさらわれてしまう。彼女の握るラズベルガの弱点とは……。そして、向井の秘密兵器･ムカイダーK3がベールを脱ぐ。

ビーファイターとジャマールの激闘の中、突如現れたさすらいの用心棒･ネロ。その腕を見込んで、雇い入れるジェラ。だが再びビーファイターの前に現れたネロは、自分はビーファイターの味方だと名乗る。ガオームを倒してやるというネロの言葉を信じた舞は、彼に報酬を払うためにアルバイトを始めるが……。

カブトの持ってきた、計り知れないパワーを持つビートイングラム。そして、究極のインセクトパワーがいま、ブルービートに。いまこそブルービートが進化成長する。青き閃光がインセクトアーマーを包むとき、最強の超次元インセクトヒーローが誕生する。

とても陽気な異次元の商人･カブトがやってきた。そんなとき、ジャマールの好き嫌い逆転ビームで街は大混乱。ジャマールを応援し出す人々にカブトが加わり、追い詰められるビーファイター。果たして、このカブトは敵なのか味方なのか……。

NASAが宇宙から連れてきたと言うかわいい新生物･モジャ。だがモジャは、子供たちの意識を吸い取り、合体して怪物モジャンガに。出動する三人だが、何故か重甲できない。子供たちの助けを呼ぶ声が、ビーファイターをピンチに追い込む。果たして、打つ手はあるのか?

サバイバルスクールの影で暗躍するジャマールの陰謀。単身潜入捜査を開始する舞の前に現れた男･一馬。若者をジャマール傭兵に変える、恐ろしい計画。だが、一馬の前にジャマールが。そして、傭兵･ナイトバイカーがビーファイターに襲いかかる。

次元を渡り歩く、異次元漬物屋･ババンバ。そのババンバにひとめぼれした、男一匹･丸川繁造。女心に乗っけた漬物石ひとつ、とってやりやしょう。熱い男の恋心! そして、拓也が漬け物に……。

舞の高校時代の友人で、お嬢様の白鳥美鈴。だが、その美鈴の顔をした女性が街中に現れた。本物の美鈴は一体……。街にあふれる美女を使ったジャマールの作戦。その謎を解くべく、単身･美鈴が動きだす。

第64041回ゴーストゾーン武闘大会開幕。ジャマール13怪人が集結し、ゴーストゾーンで開かれるこの大会に、特別ゲストとしてガオームに参加させられたビーファイターたち。果たして、勝負の行方は?

ブラックビートの正体を探る、拓也の前に現れた黒い影。シャドーと名乗るその影は、貴様を倒さなければ俺は俺になれないのだと拓也に言い放つ。青き閃光と黒い戦慄の激闘。光と影、宿命の戦いが始まった。

背筋も凍る、恐ろしい幽霊たちが現れた。イタズラ好きな彼らのせいで、街中は大騒ぎに。ところが、その幽霊の中のひとり、香ちゃんが拓也に恋をしてしまった。幽霊と人間、叶わぬ恋の行き先はどこへ……。

歩く爆弾、イカリボンバの二代目がビーファイターの前に立ちはだかる。だが突然、ゴミの中からバリカンが飛び出て、イカリボンバにとりついた。ビーファイターには目もくれず、イカリボンバは次々と街の人々の頭を刈り始めてしまう。

突然、アースアカデミアに大作の父親がやってきた。大作を連れて帰って、漁師の跡取りにするつもりだと言う。「大作って泳げないんじゃなかったっけ?」という周囲の疑問をよそに、大作は父親の前で合成獣･エビガーニャに立ち向かう。

ジャマールの誇る超エネルギー砲･デスガオーム。その完成間近、研究員のひとり、ラーラが脱走した。彼女を追って、戦闘メカ･ダンガーが迫る。危機一髪、ビーファイターに救われるラーラ。彼女がもたらした情報とは……。

恐るべきパワーを身につけ、ギガロが帰還した。その新たな能力･ギガスレッドによって、ビートマシンが異次元プリズンへと引き込まれる。繰り返されるジャマール戦闘機の爆撃に苦戦するビーファイター。絶体絶命のピンチにスーパービートマシン･メガヘラクレスが起動する。