学校へ急ぐ途中で具合が悪そうな女の子をみかけたどれみ。同じクラスだと言われるが名前が思い出せない。それは彼女は五年生になってから一度も学校へ来ていない女の子：かよこだったのだ。どれみはかよこと友達になろうと思い、なんとドドを身代わりにして学校を休んで…。

財布を落としたどれみが交番へ駆け込む。そこで親切に対応してくれたおまわりさんが、実は同じクラスの中島くんのお父さんだった。翌日、どれみはお礼を伝えて欲しいと中島くんに頼むが、なぜか中島くんはそっけない態度。中島くんはお父さんに反発し、家出を繰り返していた。

学校とお店と仕事の三つをバッチリこなすおんぷ。なぜそんなにがんばれるのか、ももこには不思議でならない。そんなに気になるなら一日付き合わないかとおんぷに誘われ、ももこは付き人兼アシスタントとして一緒にTV局へ行く。大忙しのおんぷと行動を共にするももこは…。

もうすぐはじめてのピアノ発表会。一生懸命練習するぽっぷだが、プレッシャーを感じてかえって弾けなくなってしまう。心配になったどれみはぽっぷを勇気づけようと、失敗の末に魔法のケーキを作りあげて会場へ急ぐが、なんとぽっぷは緊張のあまり控え室から逃げ出していた…!

第2回パティシエ試験で、ハナちゃんとの面接中に開始時間が過ぎてしまい、試験官のマジョサリバンが帰ってしまった! 途方にくれるどれみたちの前に「シュークリームが欲しい」というお婆さんが現れる。シュークリームにトライする一方、色々とおもてなしをするのだが…。

授業中、母親の絵を描く矢田に言いがかりをつけた長谷部。その帰り道、はづきが矢田をなだめていると、たまたま長谷部とすごくきれいな彼のお母さんと出会う。女手ひとつで亡き夫と二人で出したお店を切り盛りする母が大好きなのに、お化粧をするとお母さんが離れていくような気がして、きれいな母を描く矢田に八つ当たりしてしまったのだ。どれみたちは魔法で変身し、みんなで長谷部をお母さんの働くお店へと連れて行くのだが…

ももこから誕生会に誘われたどれみたち。玉木まで現れてビックリ。どれみが落とした招待状を、玉木が自分宛のものと勘違いしたらしい。ももこは玉木の来場を厚く歓迎するが、ももこのアメリカでの写真を見て言った玉木の軽口により、ももこを怒らせてしまう。

ハナちゃんと一緒に横浜へやって来たどれみたち。出張クレープ店用の買い出しにハナちゃんを連れて出たどれみたちは、途中で中華街のレストランの息子、向明と知り合う。船のコックになって世界中を回ろうと志す彼は頭ごなしに父に否定され、家を飛び出していたのだ。

サッカー部の新コーチになった元キャプテンの五十嵐先輩。期待していた小竹だけど、指導内容は地味な基礎トレばかり、しかも自分がレギュラーから外され、納得いかない小竹は先輩と対立、勝負を挑むが歯が立たない。差し入れを作ったどれみにも冷たく接して怒らせる始末。

はづき達のいる2組は、優しい西沢先生の担任。でもどこか頼りないため、クラスをうまくまとめられず2組は学級崩壊寸前、ついに西沢先生はみんなの前で泣きだしてしまった。関先生をはじめ、みんなの励ましにより、先生に明るさが戻るが、今度は熱血教師のビデオの影響が!

明日は身体測定、いつも元気ななおみが浮かない顔を。背が高くて身体の発育のいい彼女は、みんなからの羨望の的。だが、彼女には悩みのタネ。小竹たちに胸のことでからかわれたなおみをフォローしようとするどれみだが、それが逆効果になりなおみは泣いて教室を飛び出して…。

はづきの持っていた鳩笛が欲しくなり「譲って欲しい」と頼むももこ。でもその鳩笛は、はづきの大切な宝物。苦しまぎれに「貸してあげる」と言ったが、ももこには通じず、鳩笛をもらったお礼を言われる所を矢田に見られてしまった。なんとはづきと矢田との仲に亀裂が…!

あの信子が新作「無国籍戦士あいこ」を発表! 驚いたことに今回は漫画で、なんと主人公はあいこ、そして最近信子と仲良くなったみほが信子のシナリオを漫画に仕上げたのだ。魔法で漫画の中へ入ったどれみたちは、悪の秘密結社にさらわれたり、巨大ロボになったりと大活躍!

どれみたちは魔女界で姿を消したハナちゃんを必死にを探していた。オヤジーデが、人間界へ一緒に連れ出したのだ! 一人でMAHO堂に残っていたももこは、オヤジーデからハナちゃんを預かる。ハナちゃんは転んで泣きだし、どれみを呼ぶためにとんでもない魔法を使ってしまう!

お客さんの赤ちゃんを見てハナちゃんを思い出してしまったどれみ。魔女界の規則で育ての親が勝手に会うことはできず寂しさは募るばかり。そこにパティシエ試験の通知が! 試験官はハナちゃんの魔女幼稚園の園長：マジョミラー、そして課題は『200年前に食べたスコーン』!

佐川、太田と別のクラスになり、その上新SOSトリオを結成されて落ち込む杉山。そんな彼に優等生の小倉くんがコンビ結成を申し込む! さっそく練習するが、お互い遠慮してしまいなかなか息が合わない上にサッパリうけない。あせりを感じた杉山は、小倉くんと不仲になり…。

スウィートハウスの開店当日、おんぷ目当てのお客が押し寄せお店は大繁盛! でも、どれみは自分の作ったクッキーだけ売れ残って、大ショック…。そしてクラスのみんなと関先生も来てくれたが、関先生はお菓子を食べてくれない。太った事を気にして、ダイエットしてるらしく…。

どれみがピアスの説明をしてくれたおかげで、お許しが出たももこ。そしてMAHO堂でお菓子作りに励むどれみたち。でも、ももこは初心者のはづきとおんぷをきつく注意したため、2人を不機嫌にさせてしまった。悩んだももこは夜、魔法ではづき達や玉木の家に様子を見に行く。

どれみのクラスに転校してきたももこ。玉木は彼女が男子に人気があるのが気にいらず、耳のピアスは校則違反だと言い出した。関先生に注意されても抵抗し、ついにももこは泣き出してしまう。心配するどれみだが、英語がわからない。みんなでももこの家に行き、事情を聞くが…。

5年生になって自分だけが違うクラス、おまけにハナちゃんにも会えず寂しくなってしまうどれみ。でも女王様から突然呼び出しがかかり、再び魔女見習いにしてもらえたので大喜び。だが、魔女になるには、6人の元老院魔女を納得させるお菓子を作らなくてはならない。