【シーズン3 最終話】どれみたちの友だちを思う心が先々代の女王の魔法を打ち破り、ももこは意識を取り戻した。だがハナちゃんは呪いの森のさらに奥へと進もうとする。お婆さんが泣いているというのだ。仕方なく追いかけていくどれみたち。そして、遂に先々代の女王がどれみたちの前に姿を現した!

幻のレシピのお菓子：愛しのトゥルビヨンを作り上げたどれみたち。王宮のキッチンでケーキを作っていると、突然黒い霧に包まれ次々に倒れてしまう。ようやく意識を取り戻すと、ももことハナちゃんの姿がない! 先々代の女王の仕業だと気づいたどれみたちは、呪いの森へ急ぐ!

ハナちゃんにかけられた野菜嫌いの呪いも全て解け、どれみたちは最後のパティシエ試験に臨む。課題は、幻のレシピを再現すること。だが、手がかりが何もなく悩むどれみたち。一方ももこは、亡き恩師：マジョモンローにそっくりな姿の試験官：マジョバニラに動揺してしまい…。

どれみたちが新しいお菓子作りに熱中する間に、一人で店の外に出てしまったハナちゃん。魔法で子どもたちにおもちゃを動かしてみせたり、ショーウィンドゥをシャボンでいっぱいにしたりと大冒険。ようやくハナちゃんがいないことに気づいたどれみたちは、魔法で探すが…。

大掃除をサボっているところにマジョリカが帰ってきて、今年一年、何をやってきたんだと一喝! すると、どれみたちは思い出す。今年は仕事やパティシエ試験で忙しく、ほとんど遊んでいなかったのだ。今年やり残したイベントを、魔法で一気にこなそうと決意する!

まだ教室に行くことが出来ないかよこに、おんぷは自分の体験を話す。転校したばかりの頃は、心に囲いを作って友だちを作ろうとしなかったこと。その囲いを破ってくれた友だち：どれみがいたこと。勇気付けられたかよこは、学校に来られなくなった本当の理由を語りだす…。

ハナちゃんへのクリスマスプレゼントを、手作りのパジャマに決めたあいこは父：幸治にミシンが欲しいとねだる。快諾する幸治だったが、なんと翌日勤めるタクシー会社が倒産! 娘にミシン一つ買えない自分に情けなくなった幸治は、あいこに大阪で母と暮らせと怒鳴ってしまい…。

久しぶりにかけたアメリカへの国際電話の後、親友：ベスの元気がないことに気づいたももこ。みんなで魔女界を経由してアメリカへ様子を見に行くことに。ベスが元気がないのは、新しい友だち：さちこのお祖母さんから貰った大切なペンダントを失くしてしまったせいだった。

どれみの同級生：万田ようことじゅんじは双子。ある日、ようこはともやという男の子と出会い意気投合。が、女では友だちになれないと思ったようこは、じゅんじと名乗ってしまう。ようこは女であることを隠すため、じゅんじと入れ替わって登校することにしたのだが…。

5回目のパティシエ試験が突然中止に! 今回の試験官：マジョリードは、魔女ガエル村の村長。村の名物「魔女ガエルまんじゅう」の売れ行きが悪く、新商品を考えるのに忙しいというのだ。ももこが抗議をすると、マジョリードはももこを連れ去り、どこかへ消えてしまった!

最近ハナちゃんは便秘ぎみ。どれみが心配していると、あいこがサツマイモを持って現れた。食物繊維はお通じにも良いと気づいたどれみたちは、ハナちゃんのためにスイートポテトを作る。が、ハナちゃんは食べてくれない。そこであいこはハナちゃんを芋掘りに連れて行く…。

学芸会がやってきた! ぽっぷたちの出し物は、えりかの推すシンデレラに決定する。でも、えりかはオタフクカゼに…。一方、どれみたちは所属する音楽クラブで合奏をする。部長の沢田たみおは大ハリキリ。だが、学芸会へ近づいたある日、沢田もオタフクカゼで倒れてしまった!

宿題を手伝ってもらったお礼に、どれみはかよこに流れ星のペンダントをプレゼントする。喜ぶかよこだったが、偶然通りかかった林野の「なんで学校に来ないの」との問いに泣きながら逃げてしまう。どれみは、かよこが学校に来られない理由をマジカルステージで探るのだが…。

レシピ日記の中に入って伝言メモを作ったり、恋占いをしたり…。一気に仕事が増えて妖精たちは不満ぎみ。最初はなだめていたララも、マジョリカが陰で悪口を言っているのを聞いてしまって大激怒。妖精たちはレシピ日記の中に立てこもって、待遇改善のストライキ突入!

ハナちゃんの野菜嫌いを治そうと、どれみたちは新しいレシピに挑戦するが、ハナちゃんはどうしても食べてくれない。一方、美空小では5年生と1年生で合同の食事会が開かれることに。が、ぽっぷのクラスメイト：さやかは、食事会で出るヨーグルトが食べられないのだ…。

ももこが児童会長選挙のクラス代表に玉木を推薦! どれみも応援演説を頼まれた。対立候補の林野は勉強のできるしっかり者だが、他人の痛みが分からない無神経さがあった。それを感じたクラスメイトは、クラス代表を玉木に選びだす! でも納得のいかない林野は全然協力しない…。

今日は4度目のパティシエ試験。試験官から出された課題は「エルドラドのお菓子」。だが、その味も形も教えてもらえない。手がかりを探しに大魔女博物館を訪れたどれみたち。何とか情報を得ようとマジカルステージを使うと、1枚の絵の中に放り込まれてしまった!

どれみのクラスメイト：岡島小太郎の家は、江戸時代から続く剣道道場。だが、今の門下生は小太郎だけで、そのうえ隣町の道場から道場破りの試合を申し込まれていた。どれみたちは、小太郎に協力を申し出る。だが練習中、ももこをかばって小太郎が足を痛めてしまう…。

どれみたちは当番制でハナちゃんの面倒をみることに。だが、すでに一年間ハナちゃんと過ごしているどれみたちに対し、ももこにとって子育ては初めての経験。ももこは早く立派なママになろうと、図書館から育児書を借りてきたり、どれみの育児を取材したりと猛勉強を開始!

ハナちゃんがMAHO堂に帰ってきた! 先々代の女王の力が及ばない人間界で育てるようにと、女王様が許可してくれたのだ。さっそくハナちゃんの野菜嫌いを治そうするどれみたち。だが、ハナちゃんは一口も食べてくれない。ハナちゃんの超野菜嫌いを治すには…。

先々代の女王に「野菜嫌い」の呪いをかけられたハナちゃん。野菜を食べなければ、魔力は失われてしまう。シェフ：マジョロクサーヌが書いたレシピ日記に呪いを解く鍵があると聞き、会いに行くどれみたち。弟子のマジョパーラーとのお菓子勝負に勝てば日記を譲ると言うが…!?

どれみの元クラスメイト：山内信秋の家はお寺。その隣の教会の娘：佐藤なつみは自分と信秋は「ロミオとジュリエット」だと言う。寺の庭にある古井戸の幽霊のせいで、二人の父親が絶交状態だったのだ。どれみたちがその井戸を見に行くと、そこには本当に女の幽霊が!

ママとお別れして魔女幼稚園で暮らすハナちゃんたち。普段は元気な子供たちも、実はみんな寂しく思っていた。ハナちゃんは魔法でみんなのママやどれみを呼び寄せた。久しぶりの親子の対面で、和やかな空気が流れる幼稚園。その時、先々代の女王が眠る呪いの森が出現する…!

今日はハナちゃんとの面会日。魔女見習い3級試験と時間が重なったぽっぷは、早く試験に合格しハナちゃんに会いに行こうと決意する。なんとか課題をクリアしたぽっぷだが、最後に2つの扉が現れた。一つはゴール、もう一つはハナちゃんのいる魔女幼稚園に繋がる扉…。

あいこの父：幸治が、ついに別れた妻：あつ子とやり直すことを決意! 大阪まであつ子に会いに行くことに。ずっと夢見ていた思いが叶うと、あいこはプレゼントのクッキーをウキウキしながら焼くのだった。次の日、あいこたちが大阪に着くと、待っているはずのあつ子がいない…。

どれみがキャンディー製造機を壊してしまい、MAHO堂は臨時休業。それ以来、みんながよそよそしくなっていると感じるどれみ。小竹たちは逃げるように去り、MAHO堂でみんながどれみのドジ話。自分がドジだから嫌われてしまったと思い、ショックを受けたどれみは…。

秋の学芸会に向けて練習を開始した音楽クラブ。でもみんなの楽器がバラバラで何を演奏したらいいか決まらない。そんな中、たくろうの表情が今ひとつさえない。元ギタリストの父親からギターを教えてもらう予定だったが断られてしまい、足手まといになるからやめるというのだ。

暑い日が続く中、3回目のパティシエ試験の知らせが届く。試験官であるマジョプリマに会いに行くが、低血圧で食欲もなく問題が考えられないとのこと。困った彼女が出したのはなんと「オーブンを使って、季節に合った、食欲のない人でも食べられる、あまり甘くないお菓子」!?

MAHO堂へ急いでいたぽっぷが三輪車とぶつかってしまう。かりんという三輪車の少女は「今日から妹になる」と言いだし、結局遊びに付き合って疲れ果てるぽっぷとマジョリカ。一方、同じクラスの平野くんがMAHO堂へ入ってきた。実はかりんは平野君の妹だったのだが…。

近頃、問屋魔女のデラが来ないため、お菓子作りに必要な魔法のもとが切れてしまった。そこで魔法問屋にいくどれみたち。けど魔法のもとは値段が高くて手が出せない。問屋のマジョドンは、夏風邪が流行って人手不足ゆえ、配達を手伝えば魔法のもとを分けてくれるという…。