同族であるハチ怪人の恨みを晴らすため、仮面ライダーBLACKの刺客に名乗りをあげるツルギバチ怪人は、坪田博士が平和利用のために開発したソーラービームキャノンを奪い取り、街を焦土化してしまう作戦へと乗り出す。

三神官のターゲットが、バトルホッパーへと絞られる。無数の虫をバトルホッパーに寄生させたタマムシ怪人。これによって、バトルホッパーの中枢神経は侵されてしまい、いまや殺人マシンと化し、街を混乱の渦へと陥れてしまう。バトルホッパーを失った仮面ライダーBLACKに危機が迫る。

ビルゲニアの出現で追いつめられた三神官は、遂に仮面ライダーBLACKに対する総力戦に踏み切る。その作戦とは、女不動産屋に化け、光太郎と仲良くなった少女ユカリの家を買収するアネモネ怪人。ユカリの家に罠を張り、爆発性の花粉が充満した空間に、光太郎を封じ込めてしまうのだった。

ゴルゴムの悪魔博士･黒松教授が光太郎のもとに助けを求めてくる。黒松は本当にゴルゴムを裏切ったのか? ゴルゴムのメンバー黒松教授に化けて仮面ライダーBLACKに罠を仕掛けるビルゲニア。その手助けを行う素早い動きとジャンプ力を生かした空中戦を得意とするオニザル怪人の暗躍に、仮面ライダーBLACKは苦戦を強いられる。

ゴルゴムの創世王は、作戦の失敗が続く三神官に、剣聖ビルゲニアの復活を命令する。仮面ライダー抹殺の命を受け、長き暗黒の眠りから目覚めたビルゲニアは、仮面ライダーBLACKの戦闘能力を知るために、素早い動きと鋭いツメで攻撃を仕掛けるクロネコ怪人を派遣する。

秋月信彦の妹･杏子の見る夢、それは囚われた信彦との美しい思い出だった…。人間の夢を集めて吸収し、自在に操る能力を持つバク怪人は、シャドームーン＝秋月信彦の生命力を回復させるため、秋月の妹である杏子の命のエネルギーを奪おうとするのであった…。

ゴルゴムは、ウルトラクォーツを使って首都埋没を企んでいた。そのため、ウルトラクォーツを持つ柳博士を狙って、ゴルゴムが動き出す。その作戦の実行部隊となるハサミムシ怪人は、両手のハサミをうち合わせて発生させる破壊ビームをウルトラクォーツで増幅することができた。これにより、東京に大地震を起こそうと企むのだが…。

ゴルゴムの新たな計画、恐怖の怪人カリキュラム。人間が持つ他人に対しての攻撃本能を解放させるイワガメ怪人。小さなイワカメに化けて、平和な学校に潜り込むのであった。そして、子供たちを凶暴化させることにより、学校を地獄絵図に変えようとする。

太古より暴威をふるっていたゴルゴム最強怪人のマンモス怪人。仮面ライダーBLACKによって、一度は倒されるものの、悪魔博士･黒松教授の発明によるマグロの脳細胞から抽出されたタウリンエキスによって復活。さらなるパワーアップを遂げたマンモス怪人は、反撃を開始する。

次々と母親たちがさらわれる事件が発生する。そんな中、太一少年の母親もその魔の手に…。堅い甲羅でライダーパンチをも跳ね返すゴルゴム最強怪人のひとりであるカニ怪人は、自らの卵を大量に孵化させるため、養育係として人間の母親たちをさらっていたのだ…。

人知れぬ山中でバイクの特訓を重ねる大門少年。彼には親子三代にわたる超マシン完成の夢が託されていた。そんな中、ゴルゴムのカミキリ怪人は、コウモリ怪人と協力して、元オートレーサーの大門明とその息子を狙い、超マシン･ロードセクターを奪取しようと暗躍するのであった。

ゴルゴメスの実、それはゴルゴムの怪人たちの貴重な食料源であった。次々と目覚める怪人たちのために、三神官はゴルゴメスの地上栽培に踏み切る。サボテン怪人は、コウモリ怪人と協力して、次々と人間の体にゴルゴメスの実の胞子を植え付けていこうとする…。

次々と起こる誘拐事件。その事件の陰で蠢いていたのは、最強テロリスト集団の育成を目論むゴルゴムの仕業だった。若者たちを殺人プロフェッショナルな破壊工作部隊にしようと企むゴルゴムの悪魔博士、黒松教授のテロリスト養成作戦を成功させるべく、トカゲ怪人が動き出す。

ストリートクィーンを巡って争い合うかおると悦子。そんな2人の争いに付け込んで、ゴルゴムのハチ怪人は、毒蜂の卵を仕込んだペンダントを2人にばらまかせ、人間たちを滅ぼそうとするビシュム作戦を目論むのであった。

音楽を通して心を通わす男女。その奏でられたバイオリンが恐ろしい怪電波に変えられてしまう…。悪魔のトリルというバイオリンの曲を、体内で共鳴させることで、その曲を怪電波に変えてしまうセミ怪人は、特殊なヘアバンドを付けた人間たちを操り始めるのであった。

若者たちを洗脳することで、ゴルゴムの計画を手助けするサイ怪人は、バトルホッパーを傷つけることに成功する。だが、自己再生能力によって復活したバトルホッパーと仮面ライダーBLACKの連係攻撃により、サイ怪人は敗北を喫する。

空中を自由自在に飛び回り、上空から敵を襲うオオワシ怪人は、画家や美術学校の生徒を使って、透視能力者に仕立て上げることで、新型コンピューターの機密を探る。そして、ゴルゴムの計画を成功させるため、暴れまわる。

国際平和友好会議が開かれることになる朝日村。この朝日村をゴルゴムのヤギ怪人が狙う。呪文のような催眠音波と、角の粉末の幻覚効果で、村人を自由自在に操り支配してしまおうとする。この村の平和を取り戻せ、仮面ライダーBLACK!

南光太郎の弱点を探るゴルゴムのメンバーである黒松教授とノミ怪人。そんな中、オートバイレーサーの速水透は、レースでの優勝と引き換えに、黒松教授との闇の取引を行ってしまう。速水は実験台として、獣人化させられてしまう。

暗黒結社ゴルゴムは、人類の文明破壊を目指す地獄絵を完成させるため、オブジェの材料となる人間を狙って暗躍を開始する。そして、オブジェ完成のための最終パーツとなる仮面ライダーBLACKの首を、クワゴ怪人が狙う。

暗黒結社ゴルゴムの基地を突き止めようとする光太郎は、女優の月影ゆかりを訪ねる。というのも、暗黒結社ゴルゴムの秘密を知るメンバーの一人であったからだ。だが、月影ゆかりは、ゴルゴムが送り込んだヒョウ怪人に暗殺されてしまう…。

逃亡した南光太郎を追う暗黒結社ゴルゴムの三神官。光太郎は、ゴルゴムにより5万年目の創世王となるために、世紀王ブラックサンの改造手術を受けていたのだった。ゴルゴムの手先となっていた秋月総一郎は、クモ怪人によって殺害される。怒りと悲しみに震える光太郎は、仮面ライダーBLACKへと変身する。