ヘラー長官とその娘オードリーがテロリストたちに捕まってしまう。長官を大量虐殺の容疑で人民裁判にかけ、有罪ならば処刑するというのだ。ジャックは一時的にＣＴＵに復帰。クロエの友人で偶然テロに関する情報を見つけたアンドリューを救おうとする。

ジャックは、パーマー元大統領の命により、マルワンにつながる唯一の手がかりとなる中国国籍の男を拘束する。初めて人命を奪ったクロエは、罪悪感に苦しむ。一方、オードリーは、ジャックが緊急手術中のポールの命を故意に危険にさらしたと知り、恐怖心を募らせる。

現在、国防長官ヘラーの補佐官として働くジャックが、古巣のＣＴＵに赴く。ＣＴＵでは、列車爆破事件の対処に追われていた。トルコのテロリストが第二の爆発を企んでいるらしい。連行されてきた容疑者を見たジャックは、列車爆破とは別の狙いがあるのではないかと不審を抱き、テロを阻止しようと行動を起こす。

テロリストは、ジャックとオードリーが防犯カメラの映像のチェックをしに警備会社に向かうことをつきとめ、襲撃する。一方、CTUでは、メルトダウンを防ぐため原発のシステムを停止する方法を探す。そして、 分析官のエドガーは、テロを未然に防ぐため電力会社のシステムに侵入を試みる。