テロリストのカリルは、自分が追跡されていることに気づき、究極の逃避行動に出る。ヘラー長官は、テロリストによる裁判という屈辱から逃れるべく、自らの命を絶とうと決意する。一方、ベルースの恋人デビーの母親が、娘を探してアラス家を訪れる。

ジャックは、テロリストグループの中心人物ナビ･アラスの息子ベルースを救う。その後、ベルースの母親ディナは、テロリストたちの隠れ家へとジャックを案内する。一方、CTUのカーティスは、テロリストに協力していた技術者パウエルから押収したファイルの修復を命ずる。

殺し屋マンディは、トニーを殺したとCTUに思わせ、逃亡を企てる。また、アリバイ工作でサンディエゴに飛んだ捜査官バーンが中国側に拘束されてしまう。一方、ミサイル発見の希望が消えると、ローガン大統領はパーマー元大統領を非難する。

ヘラー長官とその娘オードリーがテロリストたちに捕まってしまう。長官を大量虐殺の容疑で人民裁判にかけ、有罪ならば処刑するというのだ。ジャックは一時的にCTUに復帰。クロエの友人で偶然テロに関する情報を見つけたアンドリューを救おうとする。

ジャックは、テロリストグループの中心人物ナビ･アラスの妻を見つけ、息子ベルースのもとへ案内させる。しかし、ナビはすでに到着していた。CTU分析官エドガーの母親の住まい近くの原発がメルトダウン。母親を避難させることができなかったエドガーは…。

【シーズン4 最終話】CTUはついに核ミサイルの標的をつきとめる。だが、もはやミサイルは目の前に迫っていた。一方、ローガン大統領は、パーマー元大統領が反対したにも関わらず、領事館襲撃の当事者としてジャックの身柄を中国側に引き渡すことに同意する。

ジャックの元同僚トニーがジャックとオードリーをかくまう。ジャックはテロリストのスパイがCTU内にいると考える。一方、テロリストグループの中心人物ナビ･アラスの息子ベルースは母親ディナを病院に連れていくが、医者にディナのケガを通報されてしまう。

ジャックとCTUのメンバーはマルワンの隠れ家を襲撃するが、すでにマルワンは証拠となるデータを爆破し逃亡した後だった。CTUは元空軍の軍人ミッチ･アンダーソンを探すが、当人はすでに空の上で大統領専用機エアフォースワンを追っていた。

【シーズン4 最終話】ＣＴＵはついに核ミサイルの標的をつきとめる。だが、もはやミサイルは目の前に迫っていた。一方、ローガン大統領は、パーマー元大統領が反対したにも関わらず、領事館襲撃の当事者としてジャックの身柄を中国側に引き渡すことに同意する。

クロエの友人で天才ハッカーのアンドリューは、ネット攻撃を見つけたためにテロリストに誘拐されてしまう。いち早く事態を察知したジャックは、犯人を追跡し独断で行動して、現場を仕切られたくないドリスコルと対立してしまう。

殺し屋マンディは、トニーを殺したとＣＴＵに思わせ、逃亡を企てる。また、アリバイ工作でサンディエゴに飛んだ捜査官バーンが中国側に拘束されてしまう。一方、ミサイル発見の希望が消えると、ローガン大統領はパーマー元大統領を非難する。

ジャックはマルワン捕獲まで後1歩というところまで迫りながらも、シークレットサービスの邪魔により、マルワンを取り逃がしてしまう。その後、ローガンは自らの補佐役として、経験豊富なある人物を呼び寄せる。クロエは、マルワンの協力者につながる手がかりを追う。

追跡の努力も虚しく、ミサイルは発射されるが着弾点は依然不明だった。加えて、マルワンがＣＴＵから逃走する。一方、ＣＴＵはでは、ヘラー長官の誘拐に関してマルワンが利用していた相手が長官の息子リチャードだと突き止める。

テロの首謀者マルワンは、ジャックとベルースの人質交換を提案する。しかしCTU側は、それが捜査をかく乱する目的だとは気づかない。一方、マルワンに協力する元空軍の軍人アンダーソンは、整備士になりすまして飛行機に乗り込もうとしていた。

ジャックが指揮した秘密工作の際に、中国総領事が死亡する。中国領事館警備主任のチェン･ズィ－は、総領事の死の責任はジャックとＣＴＵにあると考える。そんな中、パーマーとブキャナンは、チェンの追及を何とかかわそうとする。

ジャックは、パーマー元大統領の命により、マルワンにつながる唯一の手がかりとなる中国国籍の男を拘束する。初めて人命を奪ったクロエは、罪悪感に苦しむ。一方、オードリーは、ジャックが緊急手術中のポールの命を故意に危険にさらしたと知り、恐怖心を募らせる。

ジャックはオードリーの夫ポールと共に、スポーツ用品店に立てこもってマクレナン社の傭兵に立ち向かう。CTU支部長の職を引き継いだミシェルはトニーの元妻。2人ともまだわだかまりを抱えたままだ。一方、マルワンは次の計画を実行に移そうとしていた。

ジャックはマルワン捕獲まで後1歩というところまで迫りながらも、シークレットサービスの邪魔により、マルワンを取り逃がしてしまう。その後、ローガンは自らの補佐役として、経験豊富なある人物を呼び寄せる。クロエは、マルワンの協力者につながる手がかりを追う。

ジャックが指揮した秘密工作の際に、中国総領事が死亡する。中国領事館警備主任のチェン･ズィ－は、総領事の死の責任はジャックとCTUにあると考える。そんな中、パーマーとブキャナンは、チェンの追及を何とかかわそうとする。

アイオワでマルワンの手下に核弾頭を奪われてしまう。ＣＴＵはマルワン一味と深く関わり、核弾頭の行方のカギを握る男、ジョー・プラドを拘束。しかしマルワンの策略により、男への尋問ができない。そこでジャックは、驚くべき手段を取る。

ジャックは、オードリーの夫ポールと共に、マクレナン･フォースター社でテロの首謀者マルワンの情報を探す。一方、マクレナン社側は、テロに関わった証拠を隠蔽するため、半径13キロの電力システムを攻撃する電磁パルス爆弾を爆発させようとする。

大統領専用機エアーフォースワンが墜落後、ジャックは国防長官の命令を受け、「核のフットボール」をテロリストたちの手から守るべく落下地点へと急ぐ。一方、マルワンの狙いもフットボールにあった。そんな中、副大統領ローガンは渋々大統領の職務を引き継ぐ。

ジャックとＣＴＵのメンバーはマルワンの隠れ家を襲撃するが、すでにマルワンは証拠となるデータを爆破し逃亡した後だった。ＣＴＵは元空軍の軍人ミッチ･アンダーソンを探すが、当人はすでに空の上で大統領専用機エアフォースワンを追っていた。

アイオワでマルワンの手下に核弾頭を奪われてしまう。CTUはマルワン一味と深く関わり、核弾頭の行方のカギを握る男、ジョー・プラドを拘束。しかしマルワンの策略により、男への尋問ができない。そこでジャックは、驚くべき手段を取る。

テロの首謀者マルワンは、ジャックとベルースの人質交換を提案する。しかしＣＴＵ側は、それが捜査をかく乱する目的だとは気づかない。一方、マルワンに協力する元空軍の軍人アンダーソンは、整備士になりすまして飛行機に乗り込もうとしていた。

CTUではジャックが入手した暗号文書の解読に成功、ジョセフ･ファイエドという大学助教授の名を掴む。そして、首謀者マルワンを捕まえるため、ジャックはディナを使いテロリストたちを欺く計画を立てる。一方、夫ポールの手術中、オードリーは彼がまだ自分にとって大きな存在であることに気づく。

ジャックはオードリーの夫ポールと共に、スポーツ用品店に立てこもってマクレナン社の傭兵に立ち向かう。ＣＴＵ支部長の職を引き継いだミシェルはトニーの元妻。2人ともまだわだかまりを抱えたままだ。一方、マルワンは次の計画を実行に移そうとしていた。

ジャックは、オードリーの夫ポールと共に、マクレナン･フォースター社でテロの首謀者マルワンの情報を探す。一方、マクレナン社側は、テロに関わった証拠を隠蔽するため、半径13キロの電力システムを攻撃する電磁パルス爆弾を爆発させようとする。

ＣＴＵはテロの首謀者マルワンがあるビルで、原発を遠隔操作できる“オーバーライド”を使う予定との情報を得る。ジャックはカーティスと共に、そのビルへと向かう。残りの原発のメルトダウンまではあとわずか。そんな折、ＣＴＵ支部長ドリスコルを悲劇が襲う。

CTUではジャックが入手した暗号文書の解読に成功、ジョセフ･ファイエドという大学助教授の名を掴む。そして、首謀者マルワンを捕まえるため、ジャックはディナを使いテロリストたちを欺く計画を立てる。一方、夫ポールの手術中、オードリーは彼がまだ自分にとって大きな存在であることに気づく。

ジャックは、テロリストグループの中心人物ナビ･アラスの息子ベルースを救う。その後、ベルースの母親ディナは、テロリストたちの隠れ家へとジャックを案内する。一方、ＣＴＵのカーティスは、テロリストに協力していた技術者パウエルから押収したファイルの修復を命ずる。

CTUはテロの首謀者マルワンがあるビルで、原発を遠隔操作できる “オーバーライド” を使う予定との情報を得る。ジャックはカーティスと共に、そのビルへと向かう。残りの原発のメルトダウンまではあとわずか。そんな折、CTU支部長ドリスコルを悲劇が襲う。

ジャックは、テロリストグループの中心人物ナビ･アラスの妻を見つけ、息子ベルースのもとへ案内させる。しかし、ナビはすでに到着していた。ＣＴＵ分析官エドガーの母親の住まい近くの原発がメルトダウン。母親を避難させることができなかったエドガーは…。

現在、国防長官ヘラーの補佐官として働くジャックが、古巣のCTUに赴く。CTUでは、列車爆破事件の対処に追われていた。トルコのテロリストが第二の爆発を企んでいるらしい。連行されてきた容疑者を見たジャックは、列車爆破とは別の狙いがあるのではないかと不審を抱き、テロを阻止しようと行動を起こす。

ジャックの元同僚トニーがジャックとオードリーをかくまう。ジャックはテロリストのスパイがＣＴＵ内にいると考える。一方、テロリストグループの中心人物ナビ･アラスの息子ベルースは母親ディナを病院に連れていくが、医者にディナのケガを通報されてしまう。

ジャックはヘラー長官と娘オードリーをテロリストの手から救う。テロリストグループの中心的人物ナビ･アラスは自分の息子を殺害しようとする。その後、ヘラー長官の誘拐は、本来の目的を隠すための陽動作戦に過ぎなかったことが判明する。

テロリストは、ジャックとオードリーが防犯カメラの映像のチェックをしに警備会社に向かうことをつきとめ、襲撃する。一方、CTUでは、メルトダウンを防ぐため原発のシステムを停止する方法を探す。そして、 分析官のエドガーは、テロを未然に防ぐため電力会社のシステムに侵入を試みる。

ジャックはヘラー長官と娘オードリーをテロリストの手から救う。テロリストグループの中心的人物ナビ･アラスは自分の息子を殺害しようとする。その後、ヘラー長官の誘拐は、本来の目的を隠すための陽動作戦に過ぎなかったことが判明する。

大統領専用機エアーフォースワンが墜落後、ジャックは国防長官の命令を受け、「核のフットボール」をテロリストたちの手から守るべく落下地点へと急ぐ。一方、マルワンの狙いもフットボールにあった。そんな中、副大統領ローガンは渋々大統領の職務を引き継ぐ。

テロリストのカリルは、自分が追跡されていることに気づき、究極の逃避行動に出る。ヘラー長官は、テロリストによる裁判という屈辱から逃れるべく、自らの命を絶とうと決意する。一方、ベルースの恋人デビーの母親が、娘を探してアラス家を訪れる。

追跡の努力も虚しく、ミサイルは発射されるが着弾点は依然不明だった。加えて、マルワンがCTUから逃走する。一方、CTUはでは、ヘラー長官の誘拐に関してマルワンが利用していた相手が長官の息子リチャードだと突き止める。

ジャックはアンドリューを誘拐したカリルを拘束するため、コンビニエンスストアを襲う。ヘラー長官はテロリストから逃げ出すため、心臓発作を装うが…。一方、テロリストのディナ･アラスは、息子のベルースに恋人デビーを始末するように言う。

クロエの友人で天才ハッカーのアンドリューは、ネット攻撃を見つけたためにテロリストに誘拐されてしまう。いち早く事態を察知したジャックは、犯人を追跡し独断で行動して、現場を仕切られたくないドリスコルと対立してしまう。

ジャックはアンドリューを誘拐したカリルを拘束するため、コンビニエンスストアを襲う。ヘラー長官はテロリストから逃げ出すため、心臓発作を装うが…。一方、テロリストのディナ･アラスは、息子のベルースに恋人デビーを始末するように言う。