突如ドローメに襲われた洸はシャーキンからの手紙を発見する。それはアギャール将軍の葬儀の招待状であった。約束通り教会に行くとガンテが棺を運んできた。しかし、その中から現れたのはダルダン提督だった。ダルダンの真の目的はライディーンのパワーの秘密である、ムートロンを奪おうとするものであった・・・。

史上最大のゴリラ、グレートゴングが逃走した。ゴングは捕まったが、その身体は傷だらけであった。同情したマリは傷の手当てをする。しかしゴングは妖魔帝国にさらわれ巨獣ゴンガーとなって街を襲う。だがマリの優しさを思い出し洞窟へと隠れるゴンガー。やがて街へ出たゴンガーを倒すため、やむなく洸は出撃して・・・。

アギャール将軍はこれまでライディーンを倒せなかった罪を問われ処刑されようとしていた。最後のチャンスを与えられたアギャールは一計を案ずる。臨海学園の校長室に入り込み、洸に助けを乞うたのだ。信じた洸はガンテのひそむ洞窟へ向かった。まんまと罠に掛かった洸だったがブルーガーとダンに助けられて・・・。

斧を装備した化石獣ゴーレモンンには、アギャール将軍が直接乗り込んでいた。ライディーンは出撃するが、ゴッドゴーガンなども通じずゴッドバードにチェンジするが急所が見当たらない。突撃でバラバラにしたものの、とどめを刺せなかったためゴーレモンは復元する。しかもマリやレッド団が化石獣に取り込まれてしまい・・・。

豪華客船クイーンマリリン号に乗ろうとする洸たちは車椅子の少女、ユカに切符を譲った。ところが、船には悪魔が迫っていた。フェードインした洸は船へと急ぐ。客船を乗っ取ったアギャールは時限爆弾を仕掛け、船をコンビナートへ体当たりさせようとする。巨大な岩で船を止め、ライディーンは時限爆弾を捜して・・・。

化石獣ダイヤンは攻撃をはね返され、ライディーンに敗れ去る。しかし、その頭部はダイヤの牙を加えて復活、ダンたちのメカ作りにつきあっていた洸に襲いかかる。ダイヤンの持つ牙がライディーンのボディに食い込んだ。次々と繰り出される攻撃に、ライディーンはボロボロになりながらも火山の火口に投げ込み・・・。

港を襲う化石獣ダアクルの怪光線。ライディーンの攻撃は光線に消され、ライディーンの腕も光線によって腐食してしまう。洸は富士山麓の大氷穴に隠れるのだった。洞窟に入るとムートロンの力でライディーンの腕は自然に治っていた。再びダアクルは洸たちを襲う。傷ついた洸はまたしてもムートロンの力で癒されて・・・。

洸はスパーカーで疾走中、妖魔軍団に襲われる女性リディアを助ける。彼女は消息不明の洸の母の写真を持っていた。母の行方を知りたい洸。しかし化石獣シュラガが邪魔する。シュラガを撃退すると洸はリディアにペンダントを贈る。リディアの心は動くが、魔女となって洸に襲いかかる。倒そうとする神宮寺を止める洸だが・・・。

パトロール中のブルーガーにこっそりコッペが乗り込んでいた。コッペが死んだ弟みたいな気がする神宮寺は怒りはしなかった。しかし、ブルーガーは火球獣アルガンドスに襲われ火山島に不時着。コッペを探索に出たライディーンは、噴火する火山のマグマの中から現れたアルガンドスに武器を溶かされてしまうが・・・。

ダムへおびきだされたライディーン。必死にダムを守ろうとするが、ついに破壊されてしまう。さらに、ライディーンに瓜二つの化石獣ギルディーンが暴れ出し、街を破壊する。人々の怒りはライディーンに向けられた。傷心の洸をシャーキンが嘲笑する。しかし、洸は目の手術を控えた少女、ミヨ子の応援に力づけられて・・・。

事態の打開に人間同士を戦わせることを考えたシャーキンは化石人を造ろうとする。深夜のムトロポリス、麗の昔の暴走族仲間ジャガーが現れ、麗を連れ出す。気づいた洸は麗を族同士の乱闘から救う。嫉妬に燃えるジャガーをシャーキンが連れ去った。翌日、強力な化石獣が街を襲う。それはジャガーの変わり果てた姿で・・・。

洸とマリの前に、どこか怪しげな雰囲気を持つ転校生の砂場金吾が現れた。サッカー部の練習に現れた砂場は、洸を挑発しサッカーの勝負をする。次々とシュートを決める砂場。洸は目を傷めてしまう。砂場はシャーキンの仮の姿で洸の実力を試したのだ。化石獣マンモーの襲撃に洸は目がかすんで見えず氷漬けに・・・。

ジャンボ機がドローメに乗っ取られた。機内にはムートロン研究で有名なスチーブ博士が乗っていた。アギャール将軍は博士の娘であるジャクリーヌを人質にとり、協力を迫る。洸のもとに漂着した博士に、麗は不審を感じた。実は博士は、娘の命と交換条件にムトロポリスのコンピュータ破壊を命令されていて・・・。

サッカーの試合中に化石獣スカールが現れる。ブルーガーで出撃した麗はあっけなく砕け散った化石獣に疑問を抱く。案の定、無数のかけらとなったスカールはドリルで街を破壊し始める。壊しても合体してしまうスカールは、ライディーンを包み込みエネルギーを吸収する。洸はゴッドミサイルを反転させ自らを攻撃して・・・。

化石獣トータスと戦うライディーン。トータスは姿を消したが、洸は力を使い果たす。その間に洸のバイク、スパーカーを持ち出して洸にケガを負わせてしまった荒磯ダンは、責任を感じてレッド団の面々と自作のメカで出撃。だが、アギャール将軍に捕まり人質となってしまう。アギャールの脅迫でなすすべのない洸だが・・・。

洸たちの前に、神宮寺が現れた。そして麗と共にライディーンの支援メカ、ブルーガーに乗り込むのだった。超音獣ビイラは、強力な音波でライディーンを苦しめるが、ブルーガーの活躍で洸は難を逃れる。猿丸の進言でムトロポリスを集音器にした音波攻撃と、ライディーンの念動光線ゴッドアルファでビイラを蹴散らすが・・・。

未来工学研究所は電子工学の権威である猿丸を迎え、海上基地ムトロポリスを建設していた。一方、洸はゴッドバードに変形するための訓練を続けていたが成功しない。その頃、桜野マリは神面岩で見つかった不思議な石を調べるため東京へ向かう。それを偶然見かけた修道尼の明日香麗はテレパシーでライディーンを呼び・・・。

シャーキンはムートロンの謎を解明するため、石化して洞窟に捕えていた洸の父、一郎を満月の夜に訪ねる。首だけが石化から解けた一郎に問いただすシャーキン。沈黙を守る一郎。一方、鋼鉄獣ガーダと戦闘中の洸はライディーンに苦戦していた。そしてライディーンは怪鳥ゴッドバードに変形しガーダを粉砕して・・・。

妖魔帝国は化石獣バストドンを呼んだ。帝国の支配者であるバラオの息子プリンス・シャーキンはバラオ像に悪魔の時代の完成を誓った。洸は攻撃を再開した妖魔帝国と闘うためライディーンに再びフェードイン、必殺技ゴッドゴーガンでバストドンを退ける。洸は選ばれた勇者としてライディーンと共に戦う決意をする・・・。

突如起こる大地震。世界中で天変地異が始まった。妖魔帝国が甦ったのだ。「目覚めよ勇者、ライディーンが待つ。運命の時が来た」とひびき洸の心に謎の声が響く。導かれるまま海に出た洸は怪物ドローメ、大魔竜ガンテの攻撃にさらされる。彼の危機を救ったのは海中から出現した黄金の巨像『ライディーン』であった・・・。