母にラムーの星を使わせまいと、洸は命を懸けてライディーンに乗り込んでいく。しかしバラオの吐く炎にはいかなる武器も通じず、洸はなす術がなかった。ついにレムリアはラムーの星を呼ぶ。母はムートロンの力をライディーンに与え、力尽きる。その力によってライディーンは巨大化し、バラオとの一騎打ちに向かい・・・。

バラオは鋼より強い自分の爪と髪から、守り竜バラゴーンを生み出す。そしてムトロポリスがこじ開けられ、人々が倒されていく。隙のない敵に神宮時は大型ミサイルをブルーガーに積み込み単身出撃、バラゴーンの体内に飛び込み自爆。その壮烈な死を無駄にすまいと洸は立ち上がり、ゴッドバードでバラゴーンを切り裂いて・・・。

豪雷の指揮のもと、最後の総力戦を仕掛けてきた。3体の巨烈獣をゴッドボイスで破壊するが、洸もライディーンも傷つき動けない。ついに豪雷自ら巨大化し巨烈獣バンガーとなって襲ってきた。ライディーンを救うためレムリアは古代船に立った。ラムーの星を使おうとしたその時、洸は母を守るため決死の覚悟で出撃して・・・。

レムリアは神面岩の地底のムートロンを解放するため、ラムーの星を目覚めさせた。豪雷の攻撃にも負けずバリアを張った船はラムーの星を積み込んだが、激怒のメカガンテに捕えられてしまう。ライディーンは激怒を倒し、メカガンテから母を救い出す。激怒は倒れ、後には傷ついた洸をいたわる母、レムリアの姿があった・・・。

祖父の久造はムーの歴史を洸に教える。1万2千年前、ムー帝国はムートロンを狙う妖魔の襲撃を受けた。王ラムーは再びバラオが甦る日のために、娘レムリアを人工冬眠させ、ライディーンをピラミッドにラムーの星を南海へ封じた。息子を助けに現れたレムリア。だがバラオの竜巻で母子はまた離ればなれになってしまい・・・。

ひびき博士たちはムーの紋章が記された空を飛ぶ帆船を見つけた。タブレットには船は日本を目指すとある。一方、同じく船の行方を知ったバラオはムートロンを求めて合体獣を出動させた。ムートロンエネルギーを解放するにはライディーン、ラムーの星、そして母レムリアの念動力が必要だ。洸は帆船に乗り込むが・・・。

激怒のキバマタと豪雷のビガーダがムトロポリスに迫る。だが、兄弟の仲間割れによってキバマタは引き上げた。そこへ豪雷のビガーダが現れ、激怒がキバマタを修理する間にライディーンを髪でからめとり凍らせる。しかし兄弟の連携の悪さを利用し、ライディーンは2体を葬り去る。そして、母の消息の知らせがよせられて・・・。

猿丸はライディーンの武器を改良して4つのパワーアップを考えた。その時、合体獣シャーゴンが現れ、ブルーガーが飲み込まれてしまう。体内の溶解液によってブルーガーに危機が迫る。パワーアップされたライディーンはゴッドブロックスピンとゴーガンを剣に変えたゴーガンソードでブルーガーを救出することに成功して・・・。

猿丸が新たなに武器を装着しようとしたが、ライディーンは受け付けなかった。そのため合体獣サンドキラーには今までの武器で戦うしかなかった。その時コンピュータがライディーンに隠された兵器ゴッドボイスの存在を教える。だが現れた母の幻影が、その使用を止める。ゴッドボイスは洸のエネルギーも吸い取るらしく・・・。

巨烈兄弟の巨烈獣の力が互角とみたバラオは2体を合体させ、合体獣ガードンをライディーンにぶつけた。その巨大さにはライディーンも手が出せないほどだ。大原山の火口にライディーンは落とされ洸は気を失う。だが猿丸は雷雲を利用、洸を目覚めさせる。雷エネルギーを吸収したライディーンは新しい力を身につけて・・・。

ムトロポリスも正月を迎え、久しぶりの休暇を楽しむ洸たちは、のすけの家で百人一首を見学していた。そこへ現れたジェットクロスは柔らかい装甲をライディーンの武器に巻きつけ爆破する。百人一首に品とを得た洸は町に積まれた鋼板を飛ばしジェットクロスの装甲をはがしていった。洸は回転の中心に弱点があると見抜き・・・。

ロボット競争に参加したボインダーは巨烈獣ギガールに襲われアッちゃんが人質にとられてしまった。激怒はアッちゃんと引きかえに洸に素手での1対1の勝負を挑んできた。しかし、フェードアウトした隙にライディーンをさらう激怒。まんまと作戦にはまってしまう。激怒はムトロポリスに素体ロボをぶつけ壊そうとするが・・・。

いつも闘いの足をひっぱってばかりいるレッド団は東山所長に叱られ、ボインダーの出動を禁じられていた。そこへ現れた巨烈獣ダングスは、あたりの建物を体に取り込み、パワーの源にする恐ろしい相手だった。洸の苦戦にレッド団は命令を破って出動。取り込むもののない海底での対決を挑むライディーンであったが・・・。

世界グランプリレースに出場することになった洸は、ライバルのウルフ西城との勝負を楽しみにしていた。だがウルフは妹ミホを人質に捕らえられ妖魔軍団への協力を強要されていた。レース当日、ウルフが巨烈獣ザイクロンに乗り攻撃してきた。裏切りの秘密を知った洸は説得するが妹を見殺しに出来ないウルフは拒絶して・・・。

記憶喪失の謎の転校生、岬百合香。気づかう洸に百合香も慕うようになっていった。そこへ巨烈獣マダンガーが襲う。いくら倒しても復活する巨烈獣。なんとその心臓は百合香の体内に埋め込まれていたのだ。百合香の秘密を知った洸は闘えない。とどめの一撃が迫ったその時、一体の巨烈獣がライディーンをかばった。それは・・・。

激怒巨烈は、バラオの命令を無視して、サラマンダーで出撃した。炎熱とライディーンに食い込むウロコに苦戦する洸だが、一度は撃退する。猿丸は、サラマンダーにはどんなものでもエネルギーに変えてしまう装置がついているのだろうと言う。その言葉から敵の弱点に気づいた洸はサラマンダーを氷山へ誘導し、熱力を奪い・・・。

サッカー部の練習を応援に来たレッド団の母親たちに洸は、母への想いをかきたてられていた。そんな時、車にはねられた洸を通りすがりの女が助けてくれた。彼女との団欒に洸は安らぎを感じた。しかし、そこへ現れた巨烈獣ガルジャーの体内に女は取り込まれてしまう。洸には攻撃できない。すべては豪雷の作戦だった・・・。

怪力を持つ巨烈獣クラッシュ。ライディーンが破壊したものの、その破片は消えていた。様子を見に行ったアッちゃんに迫る、謎の影・・・。猿丸は、うなされるアッちゃんの夢から、11人のロボットの姿を見つけ出した。サッカーのメンバーも11人。洸が危ない！相手チームのメンバーは合体し、クラッシュに変化して・・・。

ムートロン受信装置を作る猿丸は、気もそぞろだった。故郷から両親が会いにくるというのだ。両親の乗った汽車が通る街を巨烈獣ドライガーが襲っていた。両親は救出したものの、ドライガーのミサイルはライディーンの心臓部に食い込み、除去できない。責任を感じた猿丸は、未完成のムートロン受信装置を作動させて・・・。

麗が去ったコープランダー隊は、神宮寺が1人で出撃した。マリがブルーガーにこっそり乗り込んでいたのだが、所詮足手まといにしかならず、ライディーンを危機に陥れてしまう。襲い来る巨烈獣テツダンに絶対絶命のライディーン。必死にブルーガーで援護するマリはミサイルを発射、なんとかライディーンを救い・・・。

孤独な洸に母のぬくもりを味わってもらおうと、レッド団はダンのおふくろを連れて来た。だが、ライディーンと洸は彼らをかばって右肩に重傷を負ってしまった。敵ガンマーは、傷ついたライディーンの右腕を執拗に狙ってくる。だがその時、神面岩の岩穴から見つかったタブレットに母の手がかりが記されていると洸は聞き・・・。

激怒の巨烈獣レーザルを迎え討ったブルーガーの神宮寺は怪光線を照射され、一時的に視力を失ってしまう。洸は敵のおそろしさに気づかず、同じ光線を浴びて、目をやられてしまう。ブルーガーの必死の活躍で、辛くも逃れたものの、ダメージは大きかった。だがその時、工事現場から洸はレーザル攻略のヒントを得て・・・。

シャーキンの代わりにバラオが呼んだのは、豪雷巨烈と激怒巨烈の兄弟だ。一方、洸は父から母が生きていると聞かされた。そこに豪雷の巨烈獣コーカツが襲って来た。消えては現れ、数々の武器を使いこなすコーカツ。しかし、洸のすばやい反撃に、それたコーカツのミサイルが神面岩の地底を直撃してしまい・・・。

シャーキンは妖魔通信を洸のもとへ送った。そこには、火山島の十字架にはりつけにされた父、一郎の姿があった。だが、火山島にはダルダン提督が待ち受けていた。そしてダルダンを倒したライディーンは、巨大化したシャーキンとの一騎打ちになる。が、相討ちすれすれの所で、ライディーンはシャーキンを倒すが・・・。

ベロスタンの声に応えて、次々と現れる化石獣たち。ダルダンに操られてしまったダンに騙され、洸たちは地底に生き埋めになってしまう。知らせを受けたブルーガーが突破口を開き、洸は化石獣たちに包囲されたムトロポリスを救いに出撃。地に隠れていた妖獣ガメレーンをエスパーレーザーで発見、撃破すると・・・。

妖魔軍団が洸暗殺の命を受けて襲い掛かる。スパーカーで応戦する洸だが爆発のショックで目が見えなくなってしまう。街には灼熱獣モドロスが現れた。洸はマリに頼みスパーカーの操縦を任せフェードインする。異常に気づいたダルダンはモドロスを背後に回させる。マリはスピリットファイターで化石獣の額に張りつき・・・。

吹雪と共に街を襲う化石獣キバコンゴ。長い牙でライディーンを釘付けにする。ゴッドバードにチェンジして逃れる洸。ダルダンが撮影していた写真をもとにシャーキンはゴッドバードを捕えて砕く悪魔装置を作った。ライディーンを誘い込み捕えるキバンゴ。危機の迫ったライディーンのコックピットに謎の回路図が出現して・・・。

ダルダンはライディーンの姿を盗み撮りしたフィルムを分析し、強力な化石獣、鎌ギラーを作り上げた。鎌ギラーの鎌がライディーンに食い込む。一方ムトロポリスと神面岩がドローメに襲われていた。ダンたちはボインダーで妖魔軍団と戦う。ライディーンは鎌ギラーと新たに地中から現れた化石獣モグロンの挟み撃ちにあい・・・。

神面岩が妖魔人たちに攻撃をうけた。神面岩に急ぐ洸。化石獣コンドルンの妨害にもめげず、フェードインする。しかし、ダルダンの操るゴーガーとコンドルンの挟み撃ちにあい倒せない。再び神面岩を襲うドローメ。ダンたちのメカ、ボインダーが戦ううちにライディーンはコンドルンと神面岩を攻めるゴーガーを倒して・・・。

恐竜ティラノザウルスが翼を与えられ、ムチールとして甦った。対決するライディーンは光の輪に囲まれ、パワーが弱って海へ墜落する。意識を失った洸はガンテに捕われた。ダルダンはムートロンの引渡しを要求する。ライディーンのボディを切り刻もうとするダルダン。ブルーガーの果敢な攻撃により九死に一生を得た洸は・・・。